下令暂时封闭江淮地区的摩尼教寺院，名义上说“待回鹘本土安宁，即令如旧。”实则将其取缔。
会昌三年（843年）唐大败回鹘乌介可汗，诏令在长安及洛阳的回鹘及摩尼寺庄宅钱物等，由功德使、御史台及京兆府各差官点检收抽，钱物纳官。
并“敕天下摩尼寺并令废罢”，“有司收摩尼书若象，烧于道”，并令“天下摩尼师，剃发，令着袈裟，作沙门形而煞之”，仅京城一地，就有“女摩尼72人死，及在此国回纥诸摩尼，配流诸道，死者大半。”
两年后唐武宗大规模“毁佛”，同时取缔一切外来宗教，摩尼教等教徒被勒令还俗，充国家两税户，外国人则送远处收管。
摩尼教遭此打击，在中国内地之势开始转向衰落。
随着回鹘的西迁，摩尼教在中国西北一带却有了进一步发展，相当兴盛。
五代两宋时期，摩尼教与佛教道教进一步融合。北宋时摩尼教攀附道教，崇道的北宋统治者对其十分优容，在今福建、浙江、江苏、江西和安徽等地十分流行。
南宋时期，东南一带摩尼教更加活跃，名目繁多，淮南称二桧子，两浙曰牟尼教，福建曰明教等。尤以福建明教为盛。
当时摩尼教也常被农民用作组织民众反抗封建统治的工具。
贞明六年（920年），后梁陈州人毋乙、董乙以摩尼教发动民众造反。
后唐、后晋时农民利用摩尼教进行反抗斗争之事亦“时复潜兴”。
北宋末年，方腊以明教发动农民起义，攻占七州四十八县，声势遍及今浙江、苏南、皖南和赣东北。
后起义被镇压，明教亦遭禁止，北宋统治者将其诬为“吃菜事魔”的邪法魔教。但民间信仰明教的习俗无法禁绝，南宋时期仍有农民利用摩尼教组织民众起义，摩尼教遭到更严厉的禁止，不得不转入秘密传教。
元初，统治者允许摩尼教传教，东南一带摩尼教得以恢复和发展。元中叶农民又利用摩尼教从事反抗斗争，摩尼教于是再次被禁止，在民间转入秘密活动。
明太祖恶明教上通国号，遂欲毁其宫宇，摈逐教徒。因一些大臣乞请保留，才置而不问。
但明初朝廷仍视明教为左道乱正之术，律令规定，凡以此煽惑民众，为首者处以绞刑，从者杖责一百，流放三千里。
因此摩尼教至明代已趋衰败，但民间仍有传习者。清初沿袭明律禁止摩尼教。
摩尼教从唐以来，经历代与佛、道等融合、变化，已逐渐从朝野记载中消失。