陈霸先得报后，派周文育率军进击。
周文育至豫章后，命焦谯、僧度袭击余孝顷，尽夺其上牢所泊船只，于豫章立栅固守。
周文育军粮尽，诸将欲退，周文育不同意，遣使送出周迪，周迪允送粮食。
于是，周文育以旧船运老弱，顺流而下，烧豫章栅栏佯退。
余孝顷见之，不设防备。
周文育军由小路日夜兼程，占据芊韶。
芊韶上游有欧阳颇、萧孜，下游则有傅泰、余孝顷，周文育据中筑城，切断敌军联系。
欧阳頠等人大惊，退入泥溪。
周文育派周铁虎等袭俘欧阳頠，又派其将丁法攻俘傅泰，萧孜、余孝顷军闻讯退走。
三月，萧勃在南康得知欧阳頠等兵败，军中惊慌，其部将陈法武、谭世远于始兴斩杀萧勃，持其首级降梁。
四月，萧孜、余孝顷仍据石头抵抗，陈霸先遣侯安都协助周文育攻之。
侯安都潜师夜烧其船舰，周文育率水军、侯安都率步兵协同进攻，萧孜出降，余孝顷逃新吴。
陈霸先派欧阳頠征讨岭南，欧阳頠之子欧阳纥克始兴，欧阳頠至岭南，诸郡皆降，遂克广州。
五月，余孝顷亦降。
陈霸先立萧方智为帝后，王琳不服，于太平二年（557年）五月，大治船舰，准备进攻陈霸先。
六月，陈霸先先发制人，命周文育、侯安都等领水军二万会师于武昌征讨王琳。
十月，侯安都进抵武昌，王琳部将樊猛弃城退走。
周文育军由豫章进至武昌，与侯安都会师，得知陈霸先废萧方智自立为帝，侯安都认为师出无名，又因两将并行，不相隶属，部下交争，以致围攻郢州不克。
王琳军进至弇口，侯安都乃撤围移军至沌口，仅留沈泰守汉曲。
侯安都遇风不得进，与王琳军对峙数日后交战，侯安都军大败。
周文育、侯安都等人全部被俘，仅有沈泰退走。
王琳军移驻郢州，又派部将樊猛袭占江州。
永定二年（558年）正月，王琳率兵十万进至湓城，驻扎白水浦。
鲁悉达据地自保，控制中流，王琳不敢东下，于是向北齐求援，请立萧庄。
萧庄回到江南后，即帝位，改元天启。
六月，陈霸先再遣侯瑱、徐度率水军攻王琳，又另派谢哲前往游说。
八月，王琳同意退军湘州，陈霸先召众军还驻大雷。
萧方智在位期间“征伐有所自出，政刑不由于己”，受陈霸先控制。
永定元年（557年）八月，梁朝提升丞相陈霸先为太傅，加赐黄钺、殊礼。
九月初五，又提升为相国，总领朝政，封为陈公，备九锡，陈国设置百官。
十月初三，梁朝给陈公陈霸先进爵为王。
太平二年（557年）十月，萧方智禅位于陈霸先，南梁灭亡。
陈霸先称帝，国号陈，是为陈武帝。
随后，陈霸先派刘师知带领沈恪指挥兵士进入皇宫，护送梁敬帝到别宫去居住，封梁敬帝为江阴王。
永定元年（557年）冬十月，陈霸先即皇帝位于建康南郊。
永定二年（558年）三月，王琳在郢州拥立萧庄为帝。
六月，陈武帝下诏派侯瑱、徐度率水军为前军，讨伐王琳，并亲自驾幸石头城为侯瑱等人送行。
周迪在工塘擒拿王琳的大将李孝钦、樊猛、余孝顷等人，并派遣谢哲去王琳处颁诏。
八月，陈武帝下诏陈蒨西讨，从京师发水军五万，陈武帝亲自到冶城寺为陈蒨送行。
周文育、侯安都等从王琳那里逃出来，自行弹劾自己，陈武帝宽宥了他们，并且下诏恢复周文育等人原来的官职。
永定三年（559年）六月十二日，陈霸先病重。
六月二十一日，陈霸先在璿玑殿病逝，享年五十七岁，遗诏陈蒨即位。
八月，群臣上谥号曰武皇帝，庙号高祖。
同月，葬于万安陵。