张颂看陛下若有所思，知道自己的话触动了皇帝心底的担忧，又没有打断自己，便接着说下去。
至于许衡名为蒙元重臣，其实为北方的一大名儒，但其先前所受的儒学教育基本上是金之落第老儒的“句读之学”。后来，他从姚枢处得读程朱遗书，大有所得，遂与姚枢、窦默相讲习。他长期位居国子祭酒，以儒家六艺教授蒙古子弟。
许衡的学术宗旨大体上是以朱熹之学为依归。他格外重视朱子的《小学》和《四书章句集注》，强调进学的次序和践履力行。在为学方法上，强调“慎思”，以为视之所见，听之所闻，一切都可归为一个思字，“要思无邪”。在理欲问题上，他以为天理就在人的心中，以为直求本心即可得天理，表现出依违于朱陆二人的思想倾向。
因此许衡对于保存以儒家思想为主体的汉族文化，促进民族间的文化交流，都有现实的意义。另外，他极力劝说元朝的统治者力行汉法，促进了蒙古族的汉化进程。故而可以说他对宋儒的理学传播影响甚大，当然也意味着朱陆的合流或者说是理学的转折。
刚刚提过的刘因，他终生未仕，隐居乡野，授徒以终。初从国子司业砚弥坚习经学章句，但不满章句的训诂疏释之学，以为圣人精义绝不在于此。及得赵复所传宋儒周敦颐、邵雍、二程、张载、朱熹、吕祖谦等人的著作，深为折服。
其以为邵雍至大也；周敦颐至精也；二程至正也；朱熹极其大，尽其精，而贯之以正也。遂转向理学，推崇邵雍和朱熹，极力发挥邵雍的“象数学”和“观物”思想。至于其理学思想，虽自谓上承朱熹，属于朱学的范畴，但他在服膺程朱理学的同时，并不严守门户，实也杂入陆九渊“反求诸己”“自求本心”的思想。
如言“天道”，则把自然与社会的发展变化归于“天地之心”，“天地之心”即“理”，认为由“理”而有世界万物和人的生命，由“理”产生伦理纲常。主张将“人欲”化为“天理”，其方法是当求于己，无待于外。
其又提出“返求六经”及与此相关的“古无经史之分”的见解，以为《诗经》《尚书》《春秋》原本是史，只是后来由圣人删定才变成经典。表明他一方面看到理学的思想价值，另一方面也清楚地看到理学家易患穿凿附会的毛病，即往往脱离经典原义而发空论。
另有在蒙元颇有影响的大儒吴澄，其实是大宋江西人，世代业儒，自幼用力于圣贤之学，直承宋代理学的端绪，自以朱熹学术的传承者自居。其学也更加精微，尤其是他的“道统说”，主张道之大原出于天，突出圣贤之传道本于天的思想。
至于其理学思想，主要以折中朱陆为特色。他说：“朱子于道问学之功居多，而陆子静以尊德性为主。学问不本于德性，则其敝必偏于言语训释之末，故学必以德性为本，庶几得之。”据此可见其对朱陆分歧的基本看法。当学者执经问难时，吴澄往往先令其主一持敬，以“尊德性”，然后令其读书穷理，以“道问学”，其意图在于使学者先反之于心，而后求之五经。
其于“天道”“理气”，认为“理”在“气”中，原本不离，“理”是“气”的主宰。而又以为为学之要在于“心”，主张反之吾心，体仁之本，敬为要；用仁之用，孝为首。孩提之童无不爱亲，此“良心发见”之最先者，苟能充之四海皆准。
吴澄在景炎十一年受友人之邀到达燕京，与一班蒙元名士频繁交往，彼此谈经论学，相互切磋。彼时程钜夫觉得人才难得，实在不忍心遗弃贤能之士。于是竟违背自己的诺言，特别把吴澄向忽必烈作了推荐。
吴澄很快知道了此事，仍以母亲年迈体衰为由，极力推辞。随后收拾行李，决定独自南归。朝中公卿大夫素闻吴澄之贤，纷纷出面挽留，但吴澄执意离京。但因为当时忽必烈驾崩，朝局动荡，我朝发起收复江南之役，因而被迫滞留于燕京，却为接受伪职……
陈识时和马端临见陛下一直静听张颂所言，并未打断，哪里还不明白皇帝对于朱理之学在蒙元方面产生的‘变异’有了想法，心里已然对于蒙元儒士的看法有所改变。而他们作为皇帝身边近臣当然也清楚其因理学的盛行，与当前推行的新政理念有驳，进而对秉承主理之学的儒士进行打压，转而提倡永嘉学派的事功之学。
而对于蒙元儒士皇帝一是出于政治上考虑，因为他们曾为异族统治者女真和蒙古服务，所以极为不信任；二是蒙元儒士转而崇尚朱理之学，也会导致收复中原后的政策推行形成阻碍，更担心南北儒士合流抵制新政，不利于以后的统治。
正是出于这些方面的担心，陈识时等近臣是明白皇帝欲在利用战乱之际对蒙元儒林进行清洗，但也许担心‘灭儒之举’会遭到江南儒士的抵制，并没有明旨实施。可在收复河南和山东的战事中，许多蒙元汉侯被灭门，依附于他们的儒士也同时被杀或失踪，其中蹊跷外人可能不得而知，而他们却是能够感觉到一二的。