赵昺连哄带蒙的终于搞定了士人们，在祥兴四年的朝会上宣布实施文武同阶的政策，并要求在正月之后立刻组织乡试为开科做准备，而他也终于同意开经筵举行春讲。
年后开衙，兵部尚书江璆请奏在海口浦海田岛开办水军训练营，用以培训水军基层军官和士官；且奏请从各师抽调基层军官入新军营进行轮训，学习新条例，同时在崖山兴建新兵训练基地。礼部徐宗仁奏请在二月十五日在各州举行乡试，五月举行府试，十月举行部试。大家这么上进，赵昺会同中书省堂议后，皆准奏即刻准备。
陆秀夫和文天祥又联名请奏希望将一些赋闲的士子补入军中充当幕僚和胥吏，赵昺当然知道两人的心思，是想利用这个机会对军队进行渗透，以便能掌握军政。他乐不得给军中补充些知识分子，当然照准。但是也有个附加条件，就是这些士子必须入新军训练营通过六个月的基础训练，并接受为期六个月的军中专业培训，考试合格才可入职。
处理完这些事情已是三月，赵昺又举行多次集议商议今年的施政方针，他以为今年战事将趋于平静，行朝应该抓住这难得的时机夯实基础，加强农业生产，争取粮食自给的情况下能有结存；另外加大招商力度，利用琼州四面临海的优势吸引内地和蕃商到琼州交易，增加关税的收入；再有扩大军工生产，尤其是火器的生产量，以便能保障军队换装的需要。
经过几番修改后，方阵终于确定下来，但是大家还是心存疑虑，谁能保证鞑子不会再犯琼州？不过赵昺确是信心满满，他知道忽必烈今年的日子不会好过，若是自己不主动挑事，三年之内不会有大的战事发生，使自己获得一个难得的发展和布局的时间段。
当前陈吊眼的山寨已经在元军重兵围剿及黄华的配合下，连破十五寨，死伤两万余人，迫使其只能收缩防御转入山中据守，但仍有十万部众。元军采取步步为营的方法逐步收缩包围圈，继续着力清剿，但是赵昺知道元军要想取得完胜却并非易事，起码能牵制他们两三年的功夫，而那时自己已经在闽广一带建立起了稳固的根据地。
另外赵昺当初为了缓解琼州压力，利用留梦炎实施的反间计也已经奏效。去年唆都和刘深奉命进攻占城，可以说开始俩人打得还算顺利。面对占城二十万大军，唆都不畏双方兵力悬殊，亲率敢死队猛打猛冲，很快就将占城军击败，杀死淹死对方士兵五万余人。两军再战于大浪湖，占城军又遭大败，斩首六万级，连遭重创，元军乘胜夺取佛逝都城
占城王室逃入西原地区的深山密林，依托有利的山区地形展开山地游击战。唆都屡屡被占城的缓兵计所算计，在山林中作战时不断吃亏碰壁，不得已只好退回海港。虽然战事不顺，但唆都和刘整仍按照忽必烈的指示，要把佛逝建成进一步经营海外诸国的基地，其后唆都受命为占城行省长官，于是修筑木栅营垒作为占城行省驻地，又让士兵屯田耕种，解决军粮供应，准备在这里长期经营。
占婆与越南本为世仇，但是在共同面临蒙元的军事威胁时，占、越暂时化敌为友，表现出某种结盟抗元的意向。双方举行高层会议商讨如何应对日益严峻的越元关系，“议攻守之策之分守要害”，陈朝君臣做出决定，秘密派二百艘兵船给占城以支援其抗元斗争，两个民族面临元帝国侵略危机时不得不协同作战。
忽必烈很快得知占人拒降，又风闻两国暗中交通极为光火，便派鄂州路达鲁花赤赵翥赴安南，以元军出征占城为由，“谕安南假道助军给粮”，陈上皇陈晃上表，以国小民贫、粮食缺乏为辞，仅答应在边界上的永安州提供少量的粮草供应。
而此时征北的宋军退却，镇南王欢脱连遭败绩，虽然阿里海牙为其顶了罪，但是依然面临失宠的危险，为了彰显自己的能力，主动要求前去征讨安南获得忽必烈的批准。正当他调集兵马的时候，却被安南的探子侦知。在战争一触即发的情形下，升龙朝廷加紧施行两面手法。八月，陈国峻集合各路陈氏王侯军队，在东步头阅兵，决定分兵把守各处要冲。十一月，上皇陈圣宗派大夫陈甫、陈钧赴荆湖占城行省，请求缓师，元朝官员不允。
十二月，陈甫返回河内，向陈朝君主报告说元朝的镇南王等人假称征讨占城执意要通过越境。陈氏再次派出两拨使臣，其中段晏、黎贵直接赴北京进贡，向元世祖面庭申辩，乞求元廷佑护越南生灵免遭涂炭，但此时欢脱率军已发，以势无挽回，段晏、黎贵反被质留于大都。
元军分成两队向越南边境开进，西边一路由万户孛罗哈达儿等人率领，指向丘急岭方向；东边一路元军为主力，由万户李邦宪任先锋，镇南王脱欢亲统后军，指向可利隘方向。到此时为止，元军一直打着过境越南征讨占婆的幌子，尚不能断定陈朝是否会抗拒“官军”。
但是，欢脱很快就明白了，元军在各处均遭越军阴击，只能强行夺路，武力通行，元王朝与大越帝国的第二次战争爆发了，脱欢大怒，立即率军攻打红河防线。正月九日，元、越军隔红河展开激战，红河防线被突破后，升龙城已无险可守，好在安南国王对此早有准备，爷俩儿凭借着在第一次抗蒙战争中积累起来的逃跑经验，动作麻利，很快将京城的朝廷、仓库、百姓撤空，将一座空城留给了入侵者，同时改变战术与元军打起了游击战。
元军虽数败越军，攻占河内，但战争总体形势并不乐观。蒙元军队自灭宋战争以来，部队中的汉兵汉将日益增多，以至远远超过蒙古士兵，成为元军主力。汉军作战历来重视补给，依赖粮秣，这次元军入越，只能一改过去长驱直入的办法，只能采取步步为营，稳定后方的办法，从永平到河内，遍设军寨、驿站，派兵驻守。