军政军令不分开的一个直接后果是，军人晋升最主要的绩效考核应该是考察其对部队的战斗力提升有何贡献，如果军政军令不分开，那么掌握军政军令大权的人就可以对一名军官这方面的能力给出一次性的评估，拥有“生杀予夺”的大权。这就使各位官兵们的前途几乎完全仰赖于这些军政军令大权集于一身的长官。
军政军令职能分开后，部队的行政管理由行政首长负责，而官兵们作战能力如何，对部队战斗力的提升有多大贡献则由军令部门来评估，它就不会是一个长官说了算。这样一来，不同的评价体系不同的评估系统的使用，不仅对于官兵们的考核更全面，对官兵们的晋升也显得更公平，也避免了依附某一军将，形成团团伙伙的现象发生。本着军政管训，军令管战的原则，必定也要对兵部和枢密院的责权进行调整。
兵部在宋朝是个十分尴尬的部门，前期职事为枢密院、三班院所分，只剩下掌管仪卫和武人科举。元丰改制后，兵部的状况也没有多大的改观，职权没有增加多少，兵政仍总于枢密院，武官铨选除授归吏部。本部只掌民兵、厢军名籍、蕃官加恩及领所属司局。故有了名存实亡之讥、冗职之议。
按照赵昺的构想，对兵部现有的职能进行调整和充实，其基本职能是：统一管理全国的武装力量，包括对禁军、厢军、蕃军和乡兵征集、编制、装备和基础训练，以及军工产品的生产和调配，军兵的品级和薪酬的评定、任用和处罚。分管战区的筹建和人员的调配，及都作院、军牧场、军医院和军法院。但是仍然没有实际的军事指挥权。
兵部的职能发生了变化，因而除隶属于尚书省管理外，还直属皇帝双重领导。兵部仍由尚书领导，但是与主管军令的枢密院级别相差两级，难以体现平行管理，于是赵昺将兵部尚书的品级由从二品提高到二品。兵部原有四司：兵部司、职方司、驾部司、库部司，分别执掌兵部事务。后赵昺又将分属工部和枢密院所管的有关军事的驾部、车部、库部、都作院等曹监皆归兵部所辖，已经为此打下了基础。
赵昺这次要对兵部做出重大的调整，通过增减将无关的曹司调整出兵部，而有些要调整到兵部管辖。过去的兵部司相当于办公厅，负责协助主官工作，过去只有一个郎中充任而已。这次要予以增权扩充，将此前由吏部掌管的军官升迁、磨勘、变动、资任和考课转由兵部司管理，有关军人的征募、兵籍和管理全部由兵部承担，这就相当于现代的总政了。
职方司的职责是掌受诸州所贡图经和总诸州图，绘制全国总地图，以周知天下山川险要。后又加掌州县废复、四夷归附分属诸州及全国地图与分路、分州地图，以周知全国版图及城池、堡寨、烽候之数，也就相当于总参测绘总局，赵昺将此司调整出兵部，归于枢密院。
库部司原有职责是掌军器、仪仗、卤簿、随军、防城什物及供帐之事，也就是皇帝出行时当跟班，充当仪仗队和辎重队。驾部司同样是干的原来太仆寺的活儿，赵昺以为让兵部管理这两司纯粹是给闲的没事干的兵部找点儿活儿，于是将库部司和驾部司全划归礼部管理，坐实兵部管理兵事的职责。
在剔除不必要的司局后，赵昺预备在兵部设立步军司、水军司、骑军司和炮军司和兵部司、辎重司、兵役司共七个主要部门。将处于从属地位的水军提高到军种地位，而现在火器使用还处于初级阶段，可以说仍未脱离冷兵器阶段，为了尽快推广火器的使用和提高训练水平，他觉得有必要将其从兵种提高到军种的地位。
步、水、骑、炮各司的主要职责是分管所属军种的管理和训练，制定军种操典和训练计划、考核标准；兵部司主管军队的人事、组织工作，制定相关律例、惩处违法、违纪军兵；辎重司则主管军工生产，粮秣、甲仗、军马的调集和分配，军医院和驿站的管理；兵役司则是主管兵丁的征募和新兵训练，及退役军兵的安置、伤亡兵丁的抚恤。
在官员设置上，赵昺仍以兵部尚书为首官，设左、右侍郎协助主官分管七司，并根据情况在司下设房、案等下属机构，任命相应的官员。尚书不用问仍是士人担任，但是主管军种各司则由有军职者担任，而主管侍郎也必须是军将出身，其它事关后勤的三司则根据情况由士人或是武人担任。
对枢密院的改制其实最让赵昺头疼，这个部门长久以来在朝中占据着重要的地位。其与中书省有东、西二府之称，“掌兵籍，虎符”，若得皇帝的批准，有调动兵马之权。枢密使的地位略低于宰相，与参知政事、门下侍郎、中书侍郎、尚书左丞等统称为“执政官”。而宋代的枢密使地位抬得这么高，权力这么大，其原因是与当时国内外的阶级矛盾、政治形势有关。
宋时阶级矛盾一开始就相当尖锐。北宋初年就发生了王小波、李顺起义。在边境，又有契丹、西夏等少数民族政权的并立，形成边防的紧迫局势。内忧外患使得宋王朝需要一支相当庞大的军队，方能抵抗少数民族的入侵和镇压国内人民的反抗，因而，就需要一个强有力的机构来管理这支军队，这就是宋代设立枢密院的原因