月十五日夜晚，陈吊眼率联军乘机再次突袭漳州城。这次率军进城，守城的元军十有九被杀，陈吊眼军威大振，兵员猛增聚众十万。而许夫人在攻打漳州的战斗中，获得大批武器甲仗的武装，又有精兵相助，其统领的义军自然如虎添翼率先攻入城中，分得了最大的块蛋糕不说，兵力也暴增到三万之众。
其后忽必烈获知漳州再次失陷损兵惨重的消息后勃然大怒，命高兴在建宁府设立行都元帅进行镇压，又命完者都为镇国上将军福建等处征蛮都元帅，领兵五千与高兴会合。重兵威逼之下，陈吊眼领军退出漳州城返回云霄带山中结寨五十余凭险据守，以王命号令群雄。
这次元军却没有出兵攻打兵力强盛的陈吊眼，完者都率军进入福建后，先用大军镇压政和的黄华义军，并贿以重金，以征蛮副元帅重职招降。果如赵昺所料，黄华没有经受的住考验投降了蒙元，因为赵昺已有准备在获知消息后，立刻通知潜伏在黄华军中的探子率军万余出走投靠许夫人，并与黄华部脱离向广东凤凰山带转进，避开敌锋芒的同时，接受补给，进行整训，建立根据地。
而元军利用黄华熟悉福建山区作战的特点，命黄华为前驱清剿漳州陈吊眼抗元起义军，其熟悉义军山寨作战的特点，带领元军步步进逼。黄华的投降，许夫人的撤离，使义军联盟破裂，南北难以相互呼应，而黄华熟悉山地作战特点，又知陈吊眼虚实，在其协助下陈吊眼被连破数寨。
陈吊眼分兵驻守拒敌，以其叔陈桂龙驻九层漈，自领部驻漳浦峰山砦，陈三官驻水篆畲，罗半天驻梅龙长窖，陈大妇驻客寨畲。他们凭借险要的地形扼险固守，时间使元军无法突破，反而遭到重大伤亡，现在战局暂时陷入僵局，两军各自结寨对峙。
他的想法和此前样，无论对于招安还是清剿，赵昺现在都不敢兴趣。清剿他没必要助纣为虐，元军多死几个对自己只有好处。而招安上杆子不是买卖，陈吊眼虽然受到点儿挫折，但是声势正盛，绝不会接受招安，反而会提出些条件。若是让朝廷承认其地位又将如何处置大宋还为有给造反者封王的先例，那纯粹是自找麻烦
当然最后赵昺还是要出手的，但要等到陈吊眼认识到错误的时候，不过替他收拾烂摊子的也不会是自己，而是许夫人。这样绝无羞辱其的意思，而是让他认识到想脱离朝廷造反是不会成功的，必须要依靠朝廷，拥护皇帝才能过上好日子。若是其不能领会自己的意图，那就不好意思了，只有看着他走向灭亡了
日子很快又到了初冬，不过海南这地方不分冬夏的，只是雨水少了些。军改第二阶段也进入尾声，陆军共编成十个步军师，两个骑兵旅三个炮兵旅及五个辎重旅，加上御前护军共辖兵力十五万；水军编成攻击船队支援船队辎重船队和火力船队，分驻岛南岛北和岛东三个水警区，另外战兵编成三个水军陆战旅，共有大小战船千二百余艘，总兵力六万余。
与此同时，新军的半年基础训练已经结束，根据训练情况和志愿准备转入分科专业训练。赵昺决定将新军基础训练结训和各军授旗仪式合并举行，地点就在已经完工的新军营地。过去他觉得这种仪式化的东西十分麻烦，甚至有些厌恶。不过对军中举行的各种仪式却是例外，之所以如此他觉得可能是因为自己是学理工的，从而喜欢线条似的美感，另外他觉的军中的仪式不仅能提高士气，且能让军人增强荣誉感与尊严。
十月初，赵昺早便换上戎装，匆匆吃过早餐便迫不及待的登车，在营骑军的保护下出城前往新军军营。他自去年岁末勘测场地后便再为来过，此时通往军营的大路已经修通，不需半个时辰军营已经在望，随着离军营越来越近，赵昺心情也愈发激动，虽然军营的设计是出自于他手，可以说每处都了然于胸，但是看到实物还是觉得十分震撼。
为了新军军营的建设，赵昺先后拨款达十万两白银，整个营区占地三千余亩。整个军营分成了四大部分，包括大操场总部分部和南北靶场。其建筑格局赵昺参照了现代军营建成，为片气象森严的砖瓦结构的建筑群。四面有高大的围墙，墙外有河环护，河两岸树木成行。
军营大门开在南侧，隔河有高大的照壁与之相对。门楼高大，面阔三间，气势之雄伟可与府城行宫大门相比。朱漆大门饰以铜钉铜环，门楣上悬挂着赵昺亲书的“新军训练营”五个大字的横匾。门前有石砌的高台阶，阶前的南路直通河岸。南路两旁有高丈许的石狮对，河上架平板桥，用以通大操场。
整个营区共建有营房百多间，总部以龟山为中心建设，占地约有二百亩，分南北两院。北院是生活区。南院是军营的中枢和教学区，又分东中西三院。东西院为教室与兵丁宿舍，各有十排带长廊的青砖瓦舍，布局对称，各排房舍之间有走廊相通，每两排组成个独立的院落，院墙开月形门，每院住约都士兵。
中院有办公室和尚武堂。高大的尚武堂坐北朝南，四周环以石栏，雕梁画栋，气势宏伟。厅门两侧有副楹联，上书：“尚父阴符，武侯韬略，简练揣摩成厅；报国有志，束发从戎，莘莘学子济斯望。”虽然这出自于赵昺之手，但绝对是山寨来的。
堂前有长廊直达校门。尚武堂北面是个大空院。院内移植而来的两棵并立的高大古树，二木间悬铜钟，前边修有座阅台，用于军将在这里训话和发布命令，因此这里被视为全校之中枢。营本部的东侧是分部，占地百亩。靶场在分部之北，占地四百余亩。大操场成半框形，由北西南三面拱卫营本部，占地百余亩