崇祯皇帝听了毕自严的回答，觉得他说得在理，也是点点头，而后目光看向兵部尚书。
申用懋一见，好像皇上被户部尚书说动了，就急了，连忙奏道：“陛下，如若此时清军，涉及到都察院，地方各级官吏卫所，不要说要花多少时间才有个结果，光是最终呈上来清军之后的军黄册，也不见得就确凿无误了啊！反正早也不准，晚也不准，不如先行补发部分欠饷也成！”
他知道皇上是非常关心欠饷的事情，去年底在朝会上，甚至还着重强调过欠饷的危害。加上就怕户部的银子用完，说话都带了点耍无赖的意思了！
崇祯皇帝听了，他有点搞糊涂了。毕竟这一世的崇祯皇帝，是从藩王突然间当了皇帝，对于军制清军事情自然不可能了解，而后世的他，就更不可能知道了。因此，他就不明白，这里面到底有多少曲折？
这情况不了解，他就没法做出正确的裁决。无奈之下，他只好让两位尚书下回去，等他补了功课之后再说。
崇祯皇帝随后花了整整一天，才算了解了其中的内情。这要说起来，又是大明开国皇帝留下的锅。
话说起来有点长，长话短说，就是朱元璋基于唐朝时候府兵多募兵而被将帅利用，致产生武装割据而对中央构成危胁的教训，就效法元朝实行军户世袭，避免藩镇割据之忧。
可这么一来后，世袭军户从开国之初就开始逃亡。究其原因，主要有四点。
一是众所周知的军户地位低，主要表现在军户要有五丁以上的方许充吏。但民户即使仅有两丁，只要识字，便可入充;另外人身自由也受到限制，不能过房，不许随便入赘，不许学唱，不许下棋打双陆，不许做买卖，还不能随便结婚等等。要是犯罪，比起民户，那是罪加一等。
第二，军户赋役及额外负担沉重。每家军户，要有一人当正兵，另外再派一人跟随当余兵，就是打下手的那种，要正兵没了就补上。另外还要再准备一个继丁，也是打下手供应正兵日常并当替补。这也就是说，一户人家至少3个壮丁废了。
军户在赋和役上虽有优免，但真正被免除的只是一些“杂泛差役”。例如里甲、均徭等名色的差役都是不能减免的，他们还必须承担与民丁差不多的差徭。
第三，正军、余丁的基本生活条件得不到保障。正军、余丁在营虽有月粮六斗。但妻小需要糊口，加之月粮或因军官克扣，或因拖欠不给，或因折银给发等，往往不足养赡。
第四，军士不得在本籍从军，而是南北更戎，备尝水土不服之苦，死人的事儿不少。
这么苦的事儿，逃亡是必然了，这也是明军为什么总不能满员的原因。可以说，吃空饷这事儿，自然而然就产生了。
当然了，在朱元璋时代，就已经认识到了这种情况，也有采取措施，这就是清军。