泰昌三年二月十二日，鸿胪寺丞李可灼献仙丹，朱常洛服用后，感觉还好，让内侍传话说：
“圣体用药后，暖润舒畅，思进饮膳。”
泰昌三年二月十三日五更，朱常洛驾崩。
二月十五日，太子朱由校继帝位，改年号为崇祯。
新任辽东经略抵达宁远之际。
义州戚家堡、锦州城南双堡、十官儿屯等地辽民数万，结寨自保，大、小凌河亦有数千不肯追随祖大寿的辽民。
十三山、前寺山、查角山聚集难民十万，由义州大侠杨三率领，杨三采取中立策略，既不随辽镇撤入宁远，亦不愿向开原军投降。
刘招孙派出马士英、森悌等官员，出面对十多万辽西难民进行招抚，许诺他们，等击败祖大寿，便给难民分田地，只要在战乱中没有滥杀无辜者，开原皆既往不咎。
十三山首领杨三派人前往宁远，向辽东经略王在晋请求拨发钱粮，他将亲率辽西义士与“刘贼”血战到底，报效朝廷。
新任辽东经略王在晋对杨三的请求置若罔闻。
王在晋认为，目前宁远、山海关防守尚未稳固，不可轻举妄动，若救回难民，必然无处安置，也没有粮草供养，而且难民中间肯定会夹杂很多开原奸细。
最后，王在晋对十三山使者说：
“刘贼现在只是吞并锦州，并没有立即攻打宁远、山海关，若朝廷轻易收留你等，必然会给刘贼开战的理由。”
泰昌三年二月上旬，广宁战后，右屯卫、锦州、大凌河城、小凌河城、松山、杏山、连山、塔山守将奉高第之命，焚烧庐舍，粮储，撤军民于关内。
开原军长驱直入，连取明军所弃之城，兵锋直逼宁远。
二月十二日，祖大寿闻知开原军已过辽河，马上进行军事部署。
宁远城内以广武营步兵防守，中左所都司陈兆兰率领本营步兵入城，与都司徐敷奏协防，总兵标下家丁在城上及四门为援。
中军孙绍祖、何可纲、李国辅、黄维正、彭簪古等人督阵，祖大寿亲率家丁在城内缉拿奸细。总兵祖大弼领本营精锐出兴水县堡、瓦窑冲作为援兵。
副将朱梅，游击马廣、邓茂林各率所部精锐与祖大弼合营，作为宁远北边外援。
祖大寿又令宁远及金州所属各小堡堡官孟继孔、孙承惠、张存仁、金国凤、孙定辽、赵邦宁，各率骑兵与祖大弼汇合一处。
龙武水营游击姚与贤、乔恒、季士登，都司王锡斧等人简选各船精兵，在觉华岛待命，为宁远南边外援。
中右所由刘永昌、尤岱坚守，前屯卫总兵赵率教领所部三车营步兵防守中千所、前屯卫、中后所，作为宁远的后援。
这样，以宁远为中心，东、西、南、被四面相呼应的防御体系就建立起来了。
祖大寿从祖大弼及各路败军口中了解到辽沈、广宁等地陷落的过程，号召宁远全城军民齐心守城，他让家丁在城中四处张贴布告，其文如下：“本官定与此城共存亡，城内各将领或守或援，俱当与本城共存亡。结连一处，彼此同心，死中求生，必生无死。若有临战退缩，必于军前斩之，有一人乱行动者杀，城上人下城者即杀！”