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《阿凡达》的故事发生在2154年的地球，李杰明是一个双腿瘫痪的前海军陆战队员，他觉得没有任何东西值得他去战斗，因此他对被派遣去潘多拉星球的采矿公司工作欣然接受。
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数年后，李杰明抵达潘多拉星球，并成功地以意识操纵起一具高达十英尺的“阿凡达”化身，在一次任务途中，一头死圣兽与他狭路相逢，在逃命过程中，李杰明与队友失去了联系，在晚上的时候又被一群毒狼袭击，李杰明奋起战斗，在整个战斗的过程中他寡不敌众，危在旦夕，正处于危急关头时，一支利箭射死了毒狼，李杰明得救了，救他的人是纳威族的公主。
很快，李杰明从她口中了解到了更多潘多拉星球的知识。
他发现纳威族的族人一直以来都与潘多拉星球的其他物种和谐相处，过着一种简朴天然的生活，李杰明在和这个纳威族的女孩的相处过程中，逐渐转变了对人类来这里采矿的看法，他意识到已经找到值得为之战斗的东西了。
不过李杰明如果要加入纳威族人对抗人类入侵者的战争，要付出很大的代价：他不能永远呆在“化身”中，当“化身”——克隆纳威人睡觉时，他就会回到自己半身不遂的人类身体中，只有通过专门的连接设备才能重新回到“化身”中。
而一旦与自己的同胞为敌，他就失去了与“化身”结合的可能，只能困在残疾的身体里，并失去那个他越来越喜欢的纳威族女孩。
就在李杰明纠结之际，人类部队在所有“和平”的手法都用尽，仍然赶不走纳威族人之后，在利益的驱动下，人类最终派遣了战机去摧毁纳威族人所生存的家园树。
尽管李杰明等人一再争取希望可以不要那么做，但是采矿公司还是决意要去摧毁。
李杰明与他们协商，他保证自己在和纳威族人交涉后，就能让他们离开那颗大树！然而当他对纳威族人说明了一切之后，纳威族人都很愤怒，特别是李杰明喜欢的那个纳威族人女孩更是愤怒之及，她觉得收到了欺骗。
随后，愤怒的纳威族族人把前来劝说的李杰明和一名女教授一起捆在了刑架上，准备杀死他们。
与此同时，采矿公司派遣的战机发现他们协商失败了。便第一时间下令开火，摧毁了他们前进的障碍——n纳威族人赖以生存的那棵巨树！
在战火纷飞中，纳威族人的领袖也被炮火炸死。
没有了生存之地的纳威族人被迫暂居神树之下，而李杰明等人趁着炮火之乱逃回了采矿公司，但他们的正义行为因为和采矿公司的利益相冲，被公司派人关了起来。
在影片的下半部分，李杰明等人找到机会，驾机逃跑，而李杰明也骑着他曾驯服的飞龙兽“魅影”，到达了族人暂居的神树下，呼吁纳威族人作出反抗，他终于又得到纳威族人的信任。
在他的呼吁下，纳威族人们联络了潘多拉星球上了其他民族的人，一起组建了一支几千人的反抗军，形成了陆空两路的防线。
很快，采矿公司的军队也发现了纳威族族人的反抗迹象，他们迅速装填了大量的高烈性炸药，准备提前消灭纳威族人。于是，纳威族人的反抗联盟和采矿公司的军队展开了血战！
在所有纳威族人的共同努力下，反抗军最终打败了人类，而人类的军队指挥也被杀死，纳威族人在李杰明的帮助下，将遣送采矿公司全部离开潘多拉星球。在纳威族的精神领袖的带领下，纳威族族人用自己的感受器（辫子）与神树相连，借助神树的力量，将李杰明的灵魂转移到他的那具克隆阿凡达身上。
影片的最后，李杰明最终成为了这个星球上纳威族人的领袖。