翌日，黄巢在含元殿接受百官朝贺，自称为帝，国号大齐，建元金统，并一起大赦天下。封尚让为宰相，孟楷、盖洪为尚书左右仆射，柴存和朱温分别为左右卫大将军。
连那日在广西的湖光山色之间，吟诗作对，自诩为怀才不遇的皮日休也被任命为翰林学士，丐帮的简帮主因为招募新兵有功，也被封为吏部侍郎。
该封赏的功臣都封赏了，黄巢便想起了那些自己恨之入骨平时欺压弱小，恃强凌弱的贪官贵族。
唐僖宗临逃走之前最担心的事情发生了，不仅公卿贵族几乎被尽数屠戮，连没有来的及逃跑的李唐宗室也被义军诛杀的几无遗类。
一时间，“华轩绣毂皆消散，甲第朱门无一半。内库烧为锦绣灰，天街踏尽公卿骨！”长安城成为权贵的血海，贫贱的老百姓却扬眉吐气，大有翻身农奴把歌唱之感。
而此时距离当年的武林大会已经五年有余，在武林大会中元气大伤而暂时隐匿江湖的各武林帮派又重新开始活跃了起来。
唐王朝也安抚了那些因为朝廷召开武林大会，而对朝廷颇有微词的道教帮派，他们之间的嫌隙已经慢慢的的冰消雪融了。
而黄巢经历了圆梦长安的风光无限，黄巢的义军开始受到官兵和武林人士的夹击，已处处被动，损兵折将。
更加雪上加霜的是，黄巢的义军由于人数多于膨胀，面临着粮草不足的严重问题。在吃穿都难以保证的情况下，众义军兵士也越来越难以管束，不像刚进西安城时能规规矩矩的遵守约法三章，烧杀掳掠便成了家常便饭。
黄巢对此也由开始的担忧愤怒而到了后来的听之任之。因为已经实现了自己龙庭之愿，黄巢自己也开始放纵享受起来，身边多了一些阿谀奉承的小人，少了一些仗义之言的君子。连驻外的将领为了保住自己的地位，也往往是对黄巢报喜不报忧。
经过在长安城中几个月的声色犬马的生活之后，慢慢恢复力量的朝廷的各路兵马已经开始合力围剿刚刚成立的大齐政权。
但即使在深宫之中，黄巢仍是头脑清明，他自然不肯坐以待毙，便实行各个击破的策略，先是派自己的虎将朱温攻克了邓州，阻止了荆、襄两路的官军北上。同时派尚让进攻凤翔，以确保京师长安西北方的安宁。
谁知尚让却忘记了先前兵败津门的前车之鉴，依旧信心爆棚，看不起文弱书生将军郑孜，反而中了郑孜所设的骄兵之计，最终被惊的草木皆兵，大败而逃，损兵折将多达数万人。
自此一战，胜败形势依然悄悄逆转。在西南苟延残喘的唐王朝频频调兵遣将，其中大多是田令孜狐假虎威，借用被自己劫持的唐僖宗的名义调来各道兵马，前来剿寇。而义军内部却因粮饷有限，调配不均，屡屡有叛乱和内哄发生，此消彼长，义军的势力自然大不如昔。其中最使义军势力一落千丈的，还是黄巢的心腹大将朱温变节降唐。
中和二年，朱温变节降唐，使义军和朝廷兵马力量的对比发生了根本性的变换。原来已经对前途悲观失望的田令孜大喜，赐其名为朱全忠，并任命他为招讨使，以达到以贼治贼的目的。
而也就是在此时，唐王朝宣布赦免“独眼龙”李克用和李国昌父子，也就是曾经大败庞勋，让农民起义军闻风丧胆的黑鸦派的掌门人。
当年庞勋发动起义之后，一路都势如破竹，横扫岭南各州，谁知碰到独眼龙父子率领的黑鸦军便马上溃不成军，最终庞勋落得一个惨败而身首异处的下场，堪称农民起义军的最大苦主。这次真是冤家路窄，二十多年后，黄巢的义军和李克用父子的黑鸦军再一次狭路相逢了。
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