九州府兵声势浩大而来，却兵不血刃而去，杜行敏抓获李佑，绕城而示众，关押于王府东厢，齐州之乱由是平定，李勣领军入城，各自抚民，一边上表奏闻，一边押解了李佑，送至长安，同党四十余人一并诛杀，吊于城头示众，其余人等既往不咎，齐州民众由是降服安定。
李勣带着徐真和杜行敏等一干有功之臣，入朝觐见，圣人不悲不喜，平了叛乱，却又少了一个儿子，加上太子之事，忧烦未消，也无甚宽慰可言，但未免寒了人心，还是授杜行敏为巴州刺史，封南阳郡公，其余诸人皆有赏赐。
这李佑性格乖张，颇为圣人不喜，朝堂之上仍旧自恃血统，笃定了圣人不敢杀之，李世民正为李承乾生死所扰，受不得李佑的气，遂以谋反之罪，贬为庶人，赐死于太极宫内省，盖因无子，国封尽除。
圣人到底宠爱太子，日夜牵挂却不得方法，如何也处置不下，遂将一干从犯作了处理，杜荷等人尽皆斩首，抄没家产，亲眷多有流放。
至于侯君集，圣人念顾多年旧功，亲至牢狱之中诀别，但言从龙多年，不忍刀笔吏辱之，侯君集回忆旧时光，悔恨难当，趁势替家人求饶，圣人一并赦免。
未过几日，侯君集授首，妻子得以赦免，流放岭南，而张亮、纥干承基等人检举有功，皆由封赏。
段瓒由于未参与过深，并未受到牵连，其父病危之时，圣人尝亲问，打算封段瓒，其父却请求将官职转封叔父段志感，大抵段公有先见之明，才不使儿子深陷权争之泥沼。
及段公病逝，追赠辅国大将军，扬州都督，谥号庄肃，并陪葬于昭陵，段瓒此番也得了封赏，远离了长安。
连那贺兰楚石，都因为在受审期间，主动揭发了侯君集的罪行，而获得了赦免，谋反一案尽数清算，唯独太子之事，终无定论。
圣人将其幽禁别室，召见司徒长孙无忌、司空房玄龄、特进萧瑀、兵部尚书李勣、中书侍郎岑文本、谏议大夫褚遂良等以参，然无人敢提议。
事皆明验，线索清晰，按律当诛，圣人自是心知肚明，然太子之所作所为固然使得圣人失望，可毕竟是圣人疼爱的长子，为了将其培养成合格的储君，圣人可谓费尽了心血和精力。
圣人终究是丢不下爱子，奈何圣人执法自律，总不能公然抗法，所谓天子犯法与庶民同罪是也。
诸多臣子深谙这份父子情谊，然又各怀鬼胎，如长孙无忌之流，有大野心，早想着扶植晋王李治，岑文本等又看好魏王李泰，都恨不得彻底将太子从圣人心头抹去，此番一个个噤若寒蝉，不敢谏言。
徐真依稀记得史料所载，有个什么通事舍人的小官站了出来，于朝堂之上为太子求情，给了圣人一个台阶，终于保住了太子的小命。
然等待了许久，也不见那史料之中的小官挺身而出，迟疑了片刻，终于出列而奏曰：“臣位卑言轻，然心中有言，不吐则不快…”
李世民见诸多大臣无人出头，正满怀失望，见得徐真出列，顿时心头暗喜，却又强捺下来，假装随意道：“徐卿可直言无妨。”
徐真这才直起身子来，奏闻道：“陛下上不失作慈父，下得尽天年，即为善矣，夫太子之误，何尝不是教育制度所压迫，臣虽为武将，但自认朝廷当重视教育，多顾学宫，以免再次重演太子这番事情…”
徐真要给圣人一个台阶下，这也不是什么坏事，坏就坏在他最后那段话，虽替太子开脱，却将罪责推到了教育上来，这般一来，诸多文臣又岂能容忍，纷纷将徐真视为无知莽夫，一言蔽之，树敌无数！
然圣人闻言却是心头安定了下来，颇为认同徐真的言论，李纲和于志宁等慌忙出列认罪，圣人当然不会迁罪，又让一干文臣拿出政策来，扶持国子监等学问之地，免得疏忽了人心教育。
诸人知晓圣人与徐真做戏，惶恐了一阵就安静了下来，是故将李承乾废为庶人，流放黔州，终于是保住了性命。
长孙无忌见有时机，又趁势举奏，言称晋王李治多有经纬之才，可主导文事，期盼圣上栽培。
这厢才了结李承乾的事情，长孙无忌就急于支撑晋王李治，诸人也嗅闻得出来，太子废黜之后，重新立储就需提上议程，这长孙无忌倒是不顾圣人心意，如此交关的时机，就开始抢占先机。
时晋王年不过二十，心性尚幼，长孙无忌多弄权术，又是晋王的舅父，其中阴暗，难免使人猜度。
岑文本和褚遂良等一干正直臣子，则认为魏王多才厚学，又宠冠诸多皇子，乃圣人最爱，宜立魏王。
遂反驳长孙无忌，称魏王自幼善学而多智，圣上尝以李泰好文学，礼接士大夫，特命于其府别置文学馆，自行引召学士，魏王泰更是著作等身，早于贞观十二年就大开馆舍，广延才俊，耗费三年时间，编纂巨作《括地志》。