一天，恐龙生物研究中心的研究员发现了一具结冰的恐龙，于是马上通知了胜利队，大古和掘井被安排过来进行调查。
没想到这只生活在几千万年前的恐龙居然做过生化电子手术，这让他们两个感到很不可思议，因为那个时候还没有人类，更别说这个高科技的手术了，现在的地球也没人能顺利完成。
正当大古和掘井两人感叹时，他们两人又收到消息，tpc总部被强烈电磁波笼罩，并出现异常现象。
此次的胜利队总部上空周围突然出现很多雷电，总部内的电脑也都处于无法正常运行的状态。
突然胜利队的通讯显示屏幕上出现了一个声音，“郑重警告人类，地球将归我们那伽人统治。”
居间惠马上命令野瑞反追踪看是从哪里发过来的声音信号，但基地的系统还无法使用无法追踪声音信号的位置。
正在这时，那个声音又开始说话了，“我们那伽人是宇宙之神，不要再做任何无谓的抵抗了，要是你们胆敢违抗我们那伽人，我们一定会让你们后悔的。”
胜利队众人听到这个声音说的话，都非常气愤，但现在最主要的还是快恢复基地的系统，这样才能应对那个所谓的那伽人。
正当掘井和大古准备返回胜利队基地时，他们受到了一个披着斗篷的女人攻击，而这个女人并不是地球人，因为她有与恐龙一样的爪子，但她又没有真想伤害二人，好像是为了拖住二人的脚步，让他们两个暂时不要离开恐龙研究中心，不过他们二人并没有能理解她的意思，直接用麻醉弹让她晕了过去。
就在这时地面突然剧烈震动起来，原来是那只被冰冻的恐龙居然重新苏醒了过来。
而在胜利队基地内，那个声音又再次出现了，“我们那伽人曾经在地球上统治过恐龙，丸迫奈扎就是最好的证据。”原来那只苏醒的恐龙居然是那伽人的生物兵器。
而在那个声音彻底消失后，胜利队的系统居然奇迹般的都恢复了，居间惠马上命令众人开始着手调查那伽人和对付那只生物兵器丸迫奈扎。
宗方和新城驾驶飞燕2号机，丽娜和野瑞驾驶飞燕1号机迅速向目的地进发，他们到达目的后就看到了巨大的丸迫奈扎，于是直接开始对它发起了进攻。
丸迫奈扎直接从胸口处发射导弹向他们回击，飞燕1号中弹只能迫降地面，飞燕2号，也一时无法接近丸迫奈扎，因为它的火力太猛了。
那个声音突然再次响了起来，“我决定给你们一次机会，如果你们在一小时内不投降的话，我会让丸迫奈扎再次启动，发动继续攻击，直到将人类全部消灭为止。”
见丸迫那扎暂时不动了，居间惠马上命令众人在丸迫奈扎周围埋设地雷，之后再制定计划消灭丸迫奈扎。
另一边的掘井通过分析那个袭击他们的少女的dNA，发现她的dNA居然和白垩纪的特异龙的dNA完全一致，所以掘井认为是白垩纪有一部分没有灭绝的恐龙被那伽人带走进行了改造，而这个女孩有可能就是其中之一。
而宗方他们一行人通过对丸迫奈扎进行透视调查，发现了它身上居然有一颗中子弹，而中子弹的威力是非常巨大的如果爆炸的话，那地球上一半的生物将会灭绝。
那个恐龙少女在大古和掘井愣神之际逃了出去，大古赶紧去追恐龙少女，因为恐龙少女一直以为那伽人使用丸迫奈扎是为了清除地球人类，然后让他们恐龙人重新生活在地球上，但实际上却是要毁灭整个地球。
更令人没想到的是恐龙研究中心的男研究员居然也是一名恐龙人，并且复活了丸迫奈扎二号机。