后升任浙江淳安知县。在淳安，他积极推行廉政，打击贪污腐败。生活极为节俭，穿布袍、吃粗粮，让家人种菜自给。
他严格执法，不畏权贵。当胡宗宪的儿子路过淳安时，胡公子作威作福，海瑞毫不畏惧胡宗宪的权势，将其抓起来并没收其钱财，还写信给胡宗宪说明情况。面对都御史鄢懋卿的搜刮，海瑞以淳安贫困为由，仅按规定接待，不进行贿赂。
他重视民生，积极发展生产。组织百姓兴修水利，改善农田灌溉条件；鼓励农业生产，减轻百姓赋税负担。
应天巡抚
海瑞被提拔为应天巡抚。在任上，他大力整顿吏治，打击豪强，平反冤狱。他要求官员廉洁奉公，不得贪污受贿、欺压百姓。一些贪官污吏和豪强地主纷纷收敛行为，有的甚至主动退还所占土地。
他关心百姓疾苦，积极解决民生问题。组织修缮水利设施，治理水患；推行土地改革，均衡赋税，减轻农民负担。
三、晚年及去世
海瑞的刚正不阿也使他在官场树敌众多，多次遭到弹劾。但他始终坚持自己的原则，不为所动。
晚年的海瑞依然心系百姓，对朝廷的腐败和社会的不公深感忧虑。1587年，海瑞在南京都察院右都御史任上病逝。
他的去世引起了极大的震动，百姓们纷纷悼念这位清官楷模。海瑞的一生，以其刚正不阿、廉洁奉公的品质，成为中国历史上清官的典范。
安达找到海瑞的时候，发现海瑞病的很重，积劳成疾，可以推测他可能因长期操劳政务、生活清苦、心理压力大等因素导致身体状况逐渐恶化，但具体的病症难以确定。
安达发现海瑞带病工作，很是佩服，这样的人是有思想，有追求的人，比很多人，混吃等死，强的太多了。
海瑞发现出现的安达。出口询问。“你是何人？”
安达恭敬地行礼，然后缓缓开口：“海公，久仰大名。晚辈深知您一生刚正不阿，为百姓谋福祉，为社稷尽忠心。如今晚辈身处乱世，世间贪腐横行，百姓苦不堪言。晚辈立志改变这一切，如同您当年一般，为正义而战。”
海瑞微微抬眼，神色冷峻：“你所言当真？如今之世，竟如此不堪？”
主角诚恳地点头：“海公，晚辈一路走来，见无数不公之事，权贵欺压百姓，官员贪污受贿。晚辈虽力量微薄，但决心效仿海公，不畏强权，为百姓讨回公道。然而，晚辈一人之力终究有限，若海公能助晚辈一臂之力，我们定能让这世界重归清明。”
接着，主角讲述起自己所经历的具体事例，以及自己时空的情况，与这里的不同之处，那些被压迫的百姓的悲惨遭遇，以及自己为了改变这一切所做出的努力和牺牲。
“海公，您一生为了正义，不惜与权贵对抗，哪怕付出生命也在所不惜。如今，这世界仍需要您这样的人。您的精神不应随着您的离去而消逝，而应在这乱世中继续发光发热。晚辈恳请您归顺于我，一同为了天下苍生而战。”
海瑞沉默片刻，眼中渐渐燃起一丝光芒：“若你真能坚守初心，为百姓谋福，吾便助你一臂之力。但你若有半点违背正义之举，吾定不饶你。”
安达郑重承诺：“海公放心，晚辈定当以您为榜样，绝不辜负您的期望。”
随后拿出刘伯温的信件，交给海瑞。“这是刘伯温的亲笔信，如今他也在，我们正在努力开创一个新中的太平盛世。”
海瑞接过信件，读完，深信不疑，对自己的死，已经不再恐惧，反而是一种期待，期待自己能与刘伯温众人，一起开创新时代。