张无忌于光明顶天珠塔闭关之际，江湖之中风云变幻，暗潮汹涌。黄衫女与叶澜清二人，恰似两只矫捷的灵燕，往来穿梭于崇山峻岭、市井街巷之间。他们身形飘逸，或于密林中与绿林好汉低语，或在酒肆中与江湖豪杰把酒言欢。他们如此奔波忙碌，只为一个目的，那便是‘联络各方义士，齐心组建抗暴联盟，以对抗那日益猖獗的邪教侵袭，以及粉碎朱元璋借刀杀人暗中打压的阴谋’。
然如今这江湖，早已不是昔日的太平模样。暗黑神教与西域的暗月魔教，不知何时已如恶狼般，张开血盆大口，肆意妄为。这暗月魔教，源自西域极西之地，其教主“黑骨冥尊”，更是个神秘莫测、野心勃勃之人。此人手段狠辣，多年来在西域广纳教徒，修炼邪功，所习功法诡异难测，能以诡异指法隔空摄人魂魄，又能以邪异掌法让人经脉逆行，痛苦而亡。凭借这般邪功，他渐渐称霸一方，成为西域一霸。
朱元璋妄图扩充自身势力，掌控江湖力量为己所用，竟不惜重金收买黑骨冥尊与暗黑神教。他心中打着如意算盘，欲借这两股黑暗势力，牵制和搅乱中原武林。如此一来，在这互相残杀之中，他便能坐收“渔翁之利”，更好地掌控局势，实现自己的野心。
那暗黑神教，向来以神秘和邪恶着称。教徒行事诡秘，手段残忍，令人闻风丧胆。自从黑暗之王被张无忌和“神雕大侠”杨过等人联手消灭后，此教残部便如脱缰的猛兽，四处肆虐。黑骨冥尊趁机而入，凭借着他的心机与手段，逐渐掌控了暗黑神教，登上了教主宝座。如今他黑袍加身，同时控制着西域两大邪教，仿若来自地狱的魔神，不可一世。此时，他手中正摆弄着一本刚得到的魔功秘籍，眼中闪烁着贪婪与野心的光芒，心中的欲望愈发膨胀。
众多原本有意加入抗暴联盟的门派，在这两大邪教的威逼利诱之下，开始犹豫不决。有的门派畏惧邪教的淫威，生怕一旦加入抗暴联盟，便会遭到残酷的报复。听闻那暗黑神教曾一夜之间血洗了一个小门派，满门上下无一幸免，手段之残忍，令人发指。有的门派则被邪教许以丰厚的利益，心中动摇。叶澜清与黄衫女看在眼里，急在心中，他们苦口婆心地劝说那些门派，讲述着大义与正道，怎奈收效甚微。
与此同时，江湖中悄然流传着一个神秘的消息：暗月魔教得到了一本失传已久的魔功秘籍，据说修炼此魔功，可使人功力大增，甚至能超越生死。这消息一经传出，如巨石投入平静湖面，激起千层浪。黄衫女、周芷若、叶澜清等人得知后，忧心忡忡。他们深知，若暗月魔教真的练成此魔功，后果将不堪设想。这魔功一旦大成，江湖必将陷入无尽的黑暗，无数生灵将惨遭涂炭。
再说此时的张无忌，正在光明顶天珠塔中闭关修炼。这宝塔之内静谧幽深，弥漫着一股古朴的气息，仿佛时间都在此处静止。张无忌已然彻底激活混沌神剑，更是寻得将混沌神剑的力量，与九阳神功、太极拳法的阴阳八卦之力交融的诀窍。平日里修炼时，他运起九阳神功，周身便有一层金色光芒笼罩，炽热之气扑面而来；施展太极拳法时，阴阳之力相互流转，恰似太极图缓缓转动，攻防一体。如今，通过韦一笑传递的消息，张无忌得知了江湖中的变故。心中焦急万分的他，加快了修炼的速度，进入到最后的冲刺阶段。
一日，张无忌在修炼之余，偶然又翻开了《九阴真经》。这本武林至宝，相传为黄裳所着，历经无数江湖纷争，蕴含着无穷的武学奥秘。他一页页地翻阅着，突然，其中一段关于“破魔”的经文映入眼帘：“魔由心生，破魔之法，在于清心明性，以正克邪，寻其破绽，一击即破。”张无忌反复研读这段经文，心中渐渐有了破解暗月魔教魔功的思路。他深知，这魔功虽强，但只要能保持内心的纯净，以正道的力量去对抗，定能找到其破绽。
张无忌决定在出关后，与赵敏、黄衫女、周芷若、叶澜清等人商议，共同探讨这段经文，寻找破解之法。他在塔中也加紧苦练，将经文的要义与自己的九阳神功、乾坤大挪移和太极阴阳八卦等功法相互融合。修炼之时，他时而运转九阳神功，使体内真气如滔滔江水，连绵不绝；时而施展乾坤大挪移，将外界之力巧妙转化，为己所用；时而又以太极阴阳八卦之力调和体内真气，使其达到一种微妙的平衡。他试图创造出一套能够克制魔功的奇绝武学，只盼能早日出关，拯救江湖于危难之中。只是这魔功究竟有何诡异之处，他又能否成功创造出克制之法，江湖未来又将走向何方，一切皆是未知数，让人不禁为之揪心。
终于，张无忌破关而出，与青翼蝠王韦一笑风尘仆仆赶回少林寺。