却说那日在敦煌城门与众人作别后，周芷若快马加鞭赶回峨眉，一路上山风拂面，她心中却思绪万千。峨眉山上，弟子们早已等候多时，见掌门归来，纷纷行礼。周芷若望着这些年轻的面庞，暗自发誓定要将峨眉发扬光大。
此后，她闭关月余，潜心钻研敦煌所得武学与经文。峨眉金顶之上，她日夜苦练，那本古朴经书中的梵文要义、武功心法逐渐被她参透。那经文仿若来自西域佛国的智慧密藏，每一个梵文符号都似藏着天地玄机，经她反复揣摩、以心印法，终与峨眉剑法相融。使得剑法更加凌厉诡谲，兼具刚柔，出招之际，剑势如虹，隐隐透着一股梵音禅意，让人防不胜防。
再说叶澜清，别了众人后，一路东行。一日，行至一处荒僻山谷，谷中云雾缭绕，仿若仙境。他正欲穿过山谷寻路，却见前方山洞中有光芒闪烁。好奇之下，入洞探寻，只见洞壁之上刻满符文，中央石台上放着一本秘籍，封皮上书《乾坤混元诀》。叶澜清心中大喜，知晓这是一场难得机缘。当下，他在洞中盘坐，翻开秘籍研读起来。
这秘籍所记武功，博大精深，以内力混元为基，招式变幻莫测，能引天地之力为己用。其上文字古奥，仿若上古仙人遗篇，既有道家冲虚圆通之理，又含兵家纵横捭阖之势，叶澜清浸淫其中，日夜不辍。饿了食些野果，渴了饮山泉水，于这山谷静谧之中，仿若与天地灵气相通。
数月过去，叶澜清终将这《乾坤混元诀》初窥门径。出谷之时，他只觉浑身真气鼓荡，举手投足皆有莫大威力。途经西安府，见此地江湖龙蛇混杂，侠义之风不盛，心念一动，便决定留在此地，开创门派。
他寻得一处废弃道观，带领几位志同道合的江湖豪杰，修葺一新，取名“混元派”。开山收徒，传授武艺，叶澜清谨遵侠义为本，所收弟子皆品性纯良之人。他将《乾坤混元诀》拆解，由浅入深，化为入门、进阶功法，教给弟子。
短短时日，混元派在西安府声名渐起，常有弟子外出行侠仗义，惩治恶霸。有一回，城中百姓受一伙悍匪欺压，混元派弟子闻风而动，施展混元功法，以刚猛劲道与灵动身法相结合，不过盏茶功夫，便将悍匪打得落花流水，百姓欢呼雀跃，对混元派赞誉有加。
时光匆匆，数年过去，混元派已颇具规模，成了西安府一武林大派。江湖中，提起叶澜清之名，亦是人人称道。而周芷若在峨眉同样建树颇丰，峨眉派在她的引领下，重振雄风，弟子武功高强，常为江湖主持公道。
一日，周芷若在峨眉密室整理典籍，偶然翻到一本古籍，其上记载：“倚天剑，上古神兵，若有损，寻烈火精金，配以九阳真火重铸，方可复原。”看到此处，周芷若心中一动。自灵蛇岛刀剑互砍，倚天剑断裂，虽依旧锋利，但已成两截废铁，若能重铸，一代神兵利器“倚天剑”有望复原，成为峨眉镇派之宝。当下，她安排好门派诸事，启程前往光明顶。
光明顶之上，昔日明教总坛如今已换了景象。周芷若寻到锐金旗掌旗使吴劲草，说明来意。吴劲草见是周芷若，拱手笑道：“周掌门，多年不见，风采依旧啊。听闻峨眉在你手中蒸蒸日上，可喜可贺。”周芷若微微点头：“吴前辈，今日前来，是想咨询您重铸倚天剑的事情，我在峨眉典籍找到倚天剑修复之法…”吴劲草抚须道：“这倚天剑乃神兵，重铸不易，不过既然周掌门所有此想法，吴某还需请示杨教主和张教主定夺。”
其时杨逍代张无忌行使教主权力，他知道周芷若与张无忌已经和解并已成兄妹关系，他这里自然无话可说，但按照明教程序动用圣火筑器是大事，尤其那倚天剑还是当年残杀过明教不少弟兄的神兵利器，所以还是决定飞鸽传书请示张无忌。
信中写道：“张教主台鉴，今周芷若周掌门前来光明顶，欲重铸倚天剑。想当年江湖纷争，倚天剑多有杀伤本教兄弟，本不该旧事重提，如今明教峨眉两派一心，且今时不同往日。朱元璋那厮，身为明教出身，却对昔日兄弟过河拆桥，诸多行径令人心寒。若能重铸倚天剑，使其重现江湖，一则可震慑宵小，二来也可作为一种警示，望教主斟酌。”
在这等待期间，周芷若与杨逍交流了诸多事情。杨逍将信中详情告知芷若，谈及朱元璋近年所作所为，扩充势力后对明教旧部打压排挤，诸多兄弟敢怒不敢言。周芷若听后，蛾眉微蹙，暗暗叹息江湖诡谲，人心难测。
恰在此时，光明顶议事厅中，几位明教高手正在谈论江湖诸事。“听闻那西安府出了个叶澜清，创立混元派，数年之间，将门派打理得风生水起，门下弟子个个武艺高强，在当地行侠仗义，好不威风。”“是啊，此人武功路数颇为神秘，据说能引天地之力，当真是不可小觑。”