白翎挂断电话后，立刻将情况汇报给路北辰。路北辰赶到后，两人对着纸条上的奇怪符号仔细研究，却毫无头绪。“这会不会是黑暗组织的某种邪术或者新的阴谋手段？”白翎皱着眉头说道。路北辰沉思片刻，“不管怎样，当务之急是加强监狱的安保措施，防止再有意外发生。”
他们迅速组织警力，在监狱周围增设了多道防护网，安装了先进的监控设备，对天空进行全方位监测。同时，将剩余的组织成员转移到更为安全的隔离牢房，安排专人看守。
然而，奇怪的事情仍在继续。夜晚，监狱上空不断传来飞鸟的鸣叫声，那声音在寂静的夜里显得格外阴森恐怖。监控画面中，时不时会出现一些黑影快速掠过，紧接着便是看守人员的惊呼声。又有几名组织成员在相同的诡异情况下死去，心口被贯穿，身旁伴随着死去的飞鸟。
白翎和路北辰心急如焚，他们开始调查这些飞鸟的来源。经过一番排查，发现这些飞鸟都是从附近一座废弃的工厂方向飞来的。他们带领队员前往那座废弃工厂，里面弥漫着一股刺鼻的气味，四周布满了各种奇怪的装置和笼子，显然是黑暗组织用来控制飞鸟的据点。
在工厂的角落里，他们发现了一个巨大的控制台，上面闪烁着各种指示灯。路北辰试图破解控制台的密码，白翎则在周围寻找线索。突然，白翎发现了一本日记，上面记录了黑暗组织关于“飞鸟控制计划”的一些细节。原来，他们利用一种特殊的声波频率和药物相结合的方式，控制了这些飞鸟的大脑，将它们变成了杀人工具。而这种控制手段与之前的“暗影计划”中的神经毒素有着某种关联，都是通过干扰生物的神经系统来达到目的。
就在路北辰即将破解控制台密码时，工厂内的警报声突然响起。一群被控制的飞鸟如潮水般向他们涌来，同时，黑暗组织的残余势力也从四面八方杀出，企图阻止他们破坏控制装置。
白翎和路北辰带领队员们奋勇抵抗。白翎手持特制的驱鸟器，发出高频声波，试图干扰飞鸟的行动。路北辰则与敌人展开激烈枪战，他一边射击，一边寻找着敌人的指挥者。
在战斗中，他们发现这些残余势力装备了一种新型的护盾，可以抵挡部分子弹的攻击。这使得战斗变得异常艰难，但他们并没有退缩。白翎发现护盾在受到强光照射时会出现短暂的失效，他立刻通知队员们使用强光手电筒配合攻击。
经过一番苦战，他们终于击退了敌人，路北辰成功破解了控制台密码，关闭了飞鸟控制装置。那些原本疯狂的飞鸟瞬间恢复了正常，纷纷飞走。
但他们知道，这只是暂时解决了监狱的危机。回到警局后，凌江带来了更坏的消息。那种未知病毒在死去的飞鸟体内发生了变异，如果不能及时找到解药，一旦扩散到人群中，将会引发一场全球性的灾难。
白翎和路北辰再次投入到紧张的解药研发工作中。他们与各国医学专家合作，根据之前对“暗影计划”神经毒素的研究经验，对这种变异病毒进行分析。经过无数次的试验和失败，他们终于发现了一种可能有效的解药成分。
然而，这种成分在自然界中极为稀少，且只生长在北极地区的一种特殊植物上。他们迅速组织探险队前往北极采集这种植物。在北极的冰天雪地中，探险队面临着严寒、暴风雪和各种危险的野生动物的威胁，但他们依然坚持不懈地寻找着目标植物。
终于，探险队成功采集到了足够的植物样本并带回。解药得以顺利研制出来，他们第一时间将解药投放到监狱中，防止病毒的扩散。同时，也为可能受到感染的人员做好了预防措施。
随着解药的成功研制和监狱危机的解除，白翎和路北辰将目光重新投向了彻底消灭黑暗组织残余势力的任务上。他们根据在废弃工厂中获取的线索，继续追查黑暗组织的其他据点和成员。
白翎和路北辰沿着线索追踪至一座偏僻的海边孤岛，这里被黑暗组织改造成了一个坚固的堡垒。阴森的建筑在海雾中若隐若现，仿佛一只蛰伏的巨兽，散发着危险的气息。