随后多尔衮下令多铎全军大哺三天，并对有功将士一一铨叙功劳，多铎等将领磕头谢恩。
随着满清两路大军的撤军，激战一年的长江黄河两岸南北大地终于获得了短暂的和平，然而，在表面的平静之下，一场新的风暴正在悄然酝酿，各方势力都在暗中角力，试图在关键时刻谋取更多的利益。
清军的两路大军撤走后，清廷将大量的顺明降军编为了绿营部队，驻防各地新占领区，并派遣了满汉官员对占领区进行了治理，巩固和消化战果，以期将其彻底变为清廷治下。
清廷在湖北设置了湖广巡抚，治所位于武昌，以洪承畴的门生林天擎充任湖广巡抚治理湖北，并掌管湖北军政大权；以左梦庚为湖北绿营提督，统带五万绿营兵（为平衡实力，清廷对左部进行了裁军和分流）驻防湖北。
于安徽设置凤庐巡抚，治所凤阳，以刘应宾充任凤庐巡抚，掌管安徽军政大权，以刘良佐改任凤庐绿营提督，统带两万绿营兵驻防凤庐池太等州府；
在江苏设置江苏巡抚，将应天府（南京）更名为江宁府，治所江宁，以土国宾充任江苏巡抚，掌江苏军政大权，以原高杰部下李成栋为江苏绿营提督，统带江苏三万绿营兵驻防江宁、扬州、苏州等江苏州府。
清廷在湖北安徽江苏三省之地，屯绿营兵十万，并以少量满洲八旗进行督军，为的就是进一步压缩残明势力，为下一次南下做准备，以期彻底平定南方，统一天下。
清廷的布局使得湖南江西浙江成为了抗清的第一线，特别是朱聿键的长沙朝廷成为了首当其冲的政权，局势对朱聿键来说显得岌岌可危。
另外浙江福建两广云贵等地都对长沙朝廷阳奉阴违，企图另奉新主，就算是江西，朱聿键也没有百分百的实控，这还是多亏了内阁次辅、两江总督黄道周忠心可表，不愿内耗，最终选择了尊奉朱聿键为主，归附了长沙朝廷。
朱聿键于是加快了新政的脚步，他在何腾蛟的支持下，令堵胤锡以兵部尚书之尊，亲自整编军队，裁撤老弱、整顿空饷，最终得军一万人，并将这一万人命名为效国军，拱卫长沙；
在湖南改革税制，裁撤苛捐杂税、降低农税、增设商税等措施；
朱聿键还对投降清廷的罪官犯吏进行了抄家编录，在湖南江西两地共抄家所得八十万两白银，大大缓解了财政的压力。
一系列的新政举措，使得长沙朝廷的面貌焕然一新，与之前的弘光政权形成了鲜明对比，若非是如今的危难局面，朱聿键或可为大明朝的中兴之主。