俄军战俘没有释放，是因为俄军坚持不肯拿出赔款，甚至还在撤离时将东局子的设备拆卸一空运走，滕毓藻自然不会再释放这些人。
而日本人虽然借款同意赔偿一千万两银子给滕毓藻，可由于在日本实在没有可引进的设备，最终滕毓藻同意，日本用他们的大米折价赔偿。
折算后，算上运费，日本共需佩服大米九百万石。
这样一笔大数目的大米，日本表示要等到秋收后一次性偿付，所以日军的俘虏暂时也没有释放。山海关则由原盛京将军曾琪手下的绿营兵接管，而曾琪本人，由于私自同俄军签署所谓协议，被革去盛京将军一职，暂留属地理事。
虽然，国内民众对于朝廷处置曾琪一事，反响强烈，可在接连传出的喜讯遮掩下，很快就没人再提及曾琪，这让曾琪暂时逃过一劫。
抢在洋人全部撤军前，滕毓藻连上两道奏折，分别请设学部和警务部。
以若可以自行研制生产枪炮舰船及推行洋务，必须设置新学培养人才为名，请重开学部，主管在全国推行新学。
以为安置裁撤绿营等旧军，以及天津租界须设置警察维护地方治安为名，在六部中添设警察总局，统管各地警察。
学部大臣举荐因慈禧软禁光绪而同慈禧意见相左愤而回家养病的原吏部尚书、协办大学士、首任管学大臣孙家鼐任学部大臣。
虽然在光绪维新时，就已经设置管学大臣，可只是由孙家鼐这个吏部尚书兼职，而且这个管学大臣只负责管理京师大学堂，这一次的学部则是真正要管理起全国的新学。
滕毓藻举荐孙家鼐担任首任学部大臣，不仅是因为孙家鼐参与京师大学堂的筹办和日后的管理，有办新学的经验。
还因为孙家鼐提认为，要振兴中华，就不仅要注重西学，兴办实业，还认为国家欲富强、民族要兴旺，首先就要开办学堂。
孙家鼐当时就提出“以中学为主，西学为辅；中学为体，西学为用”的主张。
计划京师大学堂设10门主科、10门附科，要求：“总古今，包中外，该体用，贯精粗……”。
还主张兴办医学堂、武备学堂、速成学堂，大声疾呼各省要多办中、小学堂。
而且在滕毓藻的记忆中，孙家鼐嗣后，还令其子孙先后在故乡寿州办了很多学堂。
孙家鼐虽然仍然还有些守旧，可总还要比其它朝臣要好很多，在一时没有人可以胜任这个学部大臣期间，孙家鼐是一个不错的选择。
关于警务部的部务大臣人选，滕毓藻没有举荐任何人，只是举荐骑兵协协统薛谦担任帮办。
不只是滕毓藻想要薛谦离开前锋军，给他找一个合适的去处，还因为薛谦资历短浅，担任不务大臣显然不合适。
这两份奏折，慈禧都很快批复。
设置学部和孙家鼐的任命没有问题，可在警务部上，慈禧打了一些折扣，虽然同意设置警察，可品秩上做了降级处置，只同意设置警务处，归属兵部管理。
户部侍郎铁良转隶兵部任侍郎，兼警务处总办，负责编遣改变京师及顺天府所属绿营，薛谦担任会办。
同时命滕毓藻尽早安置薛谦赶赴京城，还要滕毓藻协助铁良筹办警务处及京师警察衙门。
得到慈禧的批复后，滕毓藻不仅立即安排了薛谦赶赴京师，还派出李耀庭同铁良接洽，帮助铁良组建警务处及京师警察衙门。
在此期间，袁世凯和带着潘金山第六镇赶到山东的新任山东巡抚周馥，交接了政务后，就和他的武卫右军离开山东，由段祺瑞率新扩充的一镇武卫右军开赴顺天府，负责护卫京畿，袁世凯率其余刚刚扩编后的两镇赶到河南，接手河南巡抚。
而早已经重病的李鸿章，也同历史上一样，在十一月七日走完了他的一生。
这让滕毓藻不得不带着特别警卫中队和一个从柳秉义警卫镇特别挑选出来的营，提前赶去保定。
滕毓藻赶到保定后，在帮助李经方料理了李鸿章的后事后，又安排在保定的警卫镇的一哨人，随李经方护送李鸿章灵柩回老家合肥，然后就留在保定等着为慈禧迎驾。
虽然议和要比历史上提前了很多，可慈禧的回程依旧慢慢腾腾，直到十一月二十日，才姗姗赶到保定。
据随慈禧回銮载漪私下同滕毓藻说起，小德张告诉他，慈禧在得到李鸿章病危的奏报后，就甚为顾念，为之流涕。
慈禧还说：“大局未定，倘有不测，这如此重荷，更有何人分担！”
次日，李鸿章逝世的消息传来，慈禧更是“震悼失次”，随护人员“无不拥顾错愕”，就如同“梁倾栋折，骤失依恃者”一般。
因为滕毓藻的建议，小德张现在已经被载漪收买，慈禧身边的事，很多都是小德张私下传给他的。
对于小德张转述的慈禧惊闻噩耗的情况，滕毓藻认为还是可信的。
这几十年来，李鸿章几乎可以说是慈禧的主心骨，大清的所有事情，即便不必李鸿章亲自出面，也会有他的参与，如今李鸿章突然故去，慈禧悲痛莫名，应该并非妄言。
慈禧赶到保定后，立即对李鸿章降诏奖谕，命恭亲王溥伟前往合肥奠醊，赠官太傅，晋封一等侯爵，谥号“文忠”，并赐白银五千两治丧。
允许李鸿章入祀贤良祠，在其原籍及立功省，如安徽、浙江、江苏、上海、江宁、天津等地，建祠祭祀。
在京师，则特建专祠，由顺天府官员定期祭祀。
对于李鸿章，慈禧可谓极尽殊荣！
不过，这些做给故去之人的所有殊荣，滕毓藻看得明白，这一切，都是慈禧做给这些封疆大吏们看的。
慈禧在保定驻跸两天后，终于起驾改乘火车回京。