“大海咸水深又深，龙王点将在龙宫，虾兵虾将骑海马，刺鲂藤牌做头阵。大海咸水思又思，海龟背脊八卦书，龙虾威武当元帅，奇门遁甲做军师。大海咸水浪又浪，鲨鱼海上称霸王，红瓜披挂黄金甲，身穿银袍带鱼郎。大海咸水蓝又蓝，锁管大来变鱿筒，黄实腹脐插黄旗，红虾头上一枚针……”金陵狮子山附近的长江江段上，兴高彩烈的将士们正在捕鱼，一边收网一边唱着渔歌。他们大多是胥民的后代，世世代代在海边生活，用闽南方言歌唱，土腔土调，独具一格。
这歌声惊动了奉朱成功之命巡视的户部主事杨英，皱眉问道：“军事重地如何会有歌声”
“杨主事，是前锋镇的兵士在江边捕鱼”，部下禀告。
“前锋镇的的驻地不是在狮子山上吗如何离开汛地到江边捕鱼要误事，误大事咧！”看着这些连甲都没披，穿着短衫、赤着脚的士卒，听着渔歌动人的旋律，杨英大惊，赶紧报于朱成功。
“竟有此事余新是怎么带的兵速唤他来见孤”，朱成功大怒。
“末将参见国姓”，作为郑军中的老人，自然有人向余新通风报信。一入帐，余新便跪地解释，“将士们长期在海边讨生活，想吃鱼，末将便命他们在江边捕捞，以供军需”。
朱成功蹙紧眉头，但余新部乃是郑军精锐的前锋镇，这些日子冲杀在前、战功赫赫，不好处罚得太严厉，寒了军心，只得板着脸教训道：“汝身为前锋镇，责任重大，万不可轻敌偾事，取鱼者伙兵则可，或战兵则事去矣”。
“末将知道了，回去后一定严肃军纪、整顿兵马、小心戒备，断不敢轻敌”，余新赶紧应是。出帐后，却笑了，“谁都知道再过些日子，城里的清军就要投降了，哪来的仗打国姓爷真是小题大作！”
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七月二十二日，南京靖南将军府，清军驻南京的最高统帅、靖南将军喀喀木召集江南江西总督郎廷佐、水师提督管效忠、苏松水师总兵梁化凤、梅勒章京噶褚哈、玛尔赛、吐尔玛等召开军事会议。
“诸位，诈降计已经取得实效，据哨探传来的消息，城外的海逆戒备疏松，正做着我军投降的美梦，眼下正是出击之时”，喀喀木笑呵呵地说。
“大帅打算何时从何处反击”郎廷佐问。
“据观察，海逆驻狮子山的前锋镇戒备最松，那叫余新的敌将居然命兵士离开汛地到江边捕鱼，彼等一个个赤足短衫，连盔甲器械都不曾带，岂不是天助我等立功”喀喀木呵呵一笑，见众人都全神贯注地听自己说话，凶狠地下令：“明日丑时初刻（凌晨一点十五分），梁化凤率麾下骑兵出仪凤门、管效忠领兵出钟阜门，其余诸将随后掩杀，冲击郑军营垒。此战有进无退，临战退缩者，斩！”
“嗻”诸将齐声领命。“嗯”，喀喀木满意地点点头，此次，他故意令汉族绿营兵打头阵，将满蒙八旗放在后面，是因为此前的镇江银山之战中，江南提督管效忠率一万五千士兵进攻郑军，其中包括约十个牛录的江宁满洲八旗，结果遇到郑军的重甲步兵和火枪兵，被杀得大败，满洲八旗四千多骑兵仅一百四十人逃回南京，整个驻防金陵的满军基本打光了。汉人死再多，皇上也不心疼，满人可是大清的根本，死得多了，皇上可饶不了自己。喀喀木深知这一点，所以此次令汉军绿营打头阵，将满军放在后面保存实力。
“杀杀杀”冲天的喊杀声响彻在狮子山郑军汛地。
此时余新的部下还有相当多在外面捕鱼，大多数人来不及披挂就仓促上阵，很快便被清军击败，余新本人也被俘。初战告捷后，清军收兵在城外扎营。
“鼠辈焉敢欺孤！传令诸军往观音门附近集结，孤要以鞑虏之血血洗南都！”知道上当后，朱成功忿怒至极，身经百战的他何时受过这种窝囊气，愤怒之下，在观音山至观音门一带集结军队，准备同清军决战。
他令左先锋镇杨祖统援剿右镇姚国泰、后劲镇杨正、前冲镇蓝衍部屯扎山上，作犄角应援；中提督甘辉、五军张英伏于山内；左武卫林胜、右虎卫陈魁列阵于山下迎敌；自己督右虎卫陈鹏、右冲镇万禄在观音门往来策应；后提督万礼、宣毅左镇万义等堵御大桥头大路；右提督马信、宣毅后镇吴豪、正兵镇韩英由水路抄蹑其后；左冲镇黄安专门负责水师，防止清军由水上来犯。集中兵力决战固然没错，可此时清军已经出城扎营，命将士连夜移营准备决战，反而使部下处于疲劳状态，匆忙中也不可能熟悉地形，做好迎战准备。
次日晨，清军全力出击，靖南将军喀喀木、梅勒章京噶褚哈、玛尔赛、总兵梁化凤等率领主力由陆路出战；提督管效忠等领军由水路配合；总督郎廷佐等守城。清军先从观音山后分路进攻郑军杨祖部，斩杀杨部骁将蓝衍，攻上山头；击败杨部后乘胜以泰山压顶之势居高临下向郑军猛扑，俘郑军中提督甘辉、斩杀五军张英；接着，列营于山下的郑军林胜、陈魁两镇也全军覆没；随后，后提督万礼等在大桥头遭到清兵首尾夹攻，万礼被俘。
见陆师全线崩溃，朱成功只得命参军户官潘庚钟站在黄盖限的水师既要保护随军眷属，又要为撤退留下后路，再无力量扭转形势。清军乘战胜之威进攻朱成功的黄盖所在，潘庚钟力战阵亡。至此，南京之战完全失败。
二十五日，朱成功率领败军乘船到镇江；二十八日，主动放弃镇江、瓜州等城市，退出长江口；八月初四，郑军退到吴淞；初七，这位不肯服输的枭雄将兵船集中于平洋沙、稗沙一带，打算攻占崇明县城，控制长江出海口，以图下回再来。初十日，郑军攻打崇明，然而大败之后，军心动摇，部将韩英、王起俸被火铳击伤而亡。不得已之下，只得含羞忍辱，传令班师。
长江战役虽然以失败告终，却使清廷统治者闻风丧胆，也让各地的复明志士恢复了信心。此后，郑军退保金、厦，虽然有大海作凭仗，但“金门寸土，不足养兵；厦门丸城，奚堪生聚”面对困局，这位国姓爷不得不将目光转向隔海相望的台湾。