迎立新帝，王琼想前往奉迎，又遭到阻止。四月二十日，朱厚熜抵达良乡，王琼欲前往奉迎，再次遭到杨廷和反对。第二天，王琼不顾杨廷和反对，前往良乡求见，但仍未果。
对此，杨廷和颇为得意，并在文章中借用他人之口表达了对王琼失意的讪笑。文章称，蒋冕等人讥笑碰壁的王琼像应试的秀才，自己文章写得不好，恨不得考场干脆失火算了。
朱厚熜登基后，紧接着科道交章弹劾王琼，蒋冕、毛纪也上疏弹劾王琼“覆议逆濠事”，王琼最终“收捕下狱”。
王琼据理力争仍被谪戍绥德，嘉靖七年，二月，西北边事紧急，因“大礼仪”杨廷和已去职，嘉靖皇帝听从桂萼、张璁建议，诏令王琼“以兵部尚书兼右都御史，代王宪督陕西三边军务”，并御书“方岳重寄”匾赐王琼府第悬挂。王琼以七十余岁的高龄接旨，驰骋边疆，迫使吐蕃降服，又平息甘南、峨山、西北等地。
嘉靖十年王琼奉旨回京任吏部尚书。次年七月，王琼病死于京师住所，长子王朝立扶灵枢回籍，安葬于蒙山之下，礼部尚书霍韬撰神道碑。
朱厚照刚开始时，原本致力于消除内阁与六部的矛盾，但是事与愿违，经过自己中旨任用礼部、户部后，六部与内阁的矛盾反而愈演愈烈。
后来自己看开了，不再干涉事情的发展。
归根结底，是自己与内阁的矛盾加深。司礼监的段位太低，这才拉来六部、勋贵进入御前会议，与内阁抗衡。
自己其实也不知道做的对或者不对，也不知道会不会产生什么影响。
片刻后朱厚照道：“卿此论，颇为新颖。”
王琼却笑道：“启奏陛下，陛下承太平之世，受托孝庙而统御万兆之民，十七年矣，自陛下大安，力求民生，此乃三王以降圣君所为也。然与圣驾南巡之前举措相异，朝野褒贬不一。”
说着竟撩起官袍跪了下去道：“万岁，臣闻自古帝王治天下，举措繁琐，然终是“归根曰静”大道至简至易，繁琐之中无非二是，一知人、一安民。故而陛下常言知人、用人其惟一人，量民力，与三王之道不谋而合。然人知易而难为，圣君言行，小人不解，时毁誉乱之，但百世之后，史书至上必称颂之。陛下，圣明烛照，明见万里，天下之道在君心，伏惟陛下奉天法祖，施政公正，以示君心正矣。”
朱厚照见他说的言语恳切，心中的怀疑或者芥蒂消散了许多，叹了一口气，说道：“起来吧。”
王琼刚刚的言论在表明自己是支持皇帝的，拥护皇帝的，认可皇帝的。特别是那句‘陛下常言知人、用人其惟一人，量民力，与三王之道不谋而合。’而且他言语中也在鼓励皇帝‘人知易而难为，圣君言行，小人不解，时毁誉乱之，但百世之后，史书至上必称颂之。’不要害怕别人说闲话，背后骂你。颇有“知我罪我，其惟春秋”的意思。
这就是在地方上历练过，体会过民情的官僚和一直身处中央，未做过临民官的官僚的区别。
王琼闻言连忙谢恩起身。
朱厚照道：“朕求治之心诸臣皆知，卿言朕知到了，愿我们君臣共勉吧。”
王琼再躬身道：“陛下下旨检察天下诸司衙门，朝廷地方诸臣为之一振，何也？皆知陛下雷霆之威也。百姓疲困，盖由府县之官，爱民官少，而害民官多，布政司、按察司身为监司者，好虚文，赖人情，竟视秉公任怨为劳身之事，不肯督率其属，此次检察，科差之力，一日重于一日。九州军民，一年贫于一年。万岁之恩泽不得下，民众之苦不得上。陛下诏宽恤，官吏废格不行；降旨免税粮，仍肆意征扰。至于其他，更是千疮百孔，实不能视。”
朱厚照面容肃穆，看着眼前的这个吏部尚书道：“不做实政，好谈虚文，乃官吏一大弊病。”
王琼道：“陛下圣明，正是此意。”