于是，为了找到这样的个体。
大海捞针，
找一大群贫民，免费给他们发一本黑之书的克隆简易版。
于是，尼尔（人类）和妹妹就被骗来，
和所有人一起被扔到了新宿的围墙中。
果然，抽出灵魂的人，一个个崩坏。
尼尔不能力敌，无奈之下，
还是打开了书。
结果，
巧的来了，
尼尔，就是这个难得的、安定的灵魂。
但悠娜（人类）的病情恶化，不得已打开书被抽取灵魂。
不同于尼尔，悠娜的灵魂刚被抽出，就开始崩坏。
于是，
哈梅尔机关与尼尔做出交易：“你为我们全人类的灵魂提供稳定的魔素，我们免费给你妹妹的灵魂冷冻起来，暂时不会崩坏。1000多年后，你妹妹不就有救了吗。”
尼尔一听，
可以！
不过，
人工生命体，真的没有意识吗？
答案是否定的，
700多年后，人工生命体开始学会了思考。
于是，
在人工生命体的聚落，有两种型号的机械人造人——迪瓦菈、波波菈，
职责用来负责人工生命体的产生、管理，以及监视其是否诞生意识，是否予以抹杀。
于是，1000多年后，
3465年，
尼尔：人工生命，故事开始。
真正的人类早已灭绝。
主角，正是尼尔（人工生命体）。
而悠娜（人工生命体）也患上了和人类悠娜一样的白盐病。
不出意外，格式塔计划就要出意外了。
迪瓦菈、波波菈不忍心对产生意识的尼尔下手。
被尼尔找到的白之书失忆了，
面对黑之书的提醒，白之书表示不干，
老子就是喜欢人工生命体尼尔。
看到这里，
相信大家明白，真正的故事，到底是什么。
一路上的魔物，就是人类的灵魂，
大多为崩坏体，
也有为数不多没崩坏的，
但都难逃尼尔的屠刀。
掳走悠娜（人工生命体）的魔王，正是真·尼尔。
“靠书还不如靠自己！”
于是魔王尼尔掳走悠娜后，
将悠娜的灵魂强行植入了人工生命体悠娜的身体。
然后，刀子来了，
悠娜太过善良，不忍心，于是脱离了人工生命体悠娜。
死亡。
魔王尼尔的心都碎了！
然后，魔王尼尔也被人工生命尼尔杀死。
没了魔王尼尔，就没有稳定魔素的供应。
现存的人类灵魂，注定崩坏。
但是……
跟咱们普通人没有半毛钱关系。
多大的脸啊，
让尼尔给我们这些人提供稳定魔素。
人类灵魂崩坏，自然无法提取信息，造出下一代人工生命体。
人工生命无法繁殖，
这一带死亡后，
将不会再有人工生命体。
最终战斗中，
人工生命尼尔为了拯救凯妮，用自己的存在，换取了她的安稳。
于是，
尼尔彻底从所有人记忆中消失……
……了吗？