带着能量石返回结界处，将其嵌入对应的凹槽，结界缓缓打开。里面出现一座闪耀着七彩光芒的水晶塔，塔内的神秘力量流入大地，恐龙宝贝世界的各个角落焕发出新的生机，植物生长茂盛，动物们更加健康活跃。主人公们和小恐龙相视一笑，他们知道，新的美好时代即将开启。
然而，就在大家沉浸于喜悦之中时，天空忽然出现一道黑色裂缝，从中涌出一股黑暗力量。这股力量快速蔓延，所到之处花草枯萎，动物萎靡。小恐龙惊恐地看向龙翔等人，似乎预感到巨大的危险。
龙翔握紧拳头，大声喊道：“不管是什么，我们绝不能让这股黑暗破坏现在的和平。”
阿果迅速从背包里拿出各种工具，试图分析这股黑暗力量的来源。风龙载着他们飞向黑暗力量的核心区域。
途中，他们遇到一群被黑暗侵蚀的变异生物攻击。小恐龙挺身而出，利用新获得的力量净化部分生物。
到达核心区后，发现一个散发着幽黑光芒的魔晶。小恐龙尝试吸收魔晶的力量，却被反制。关键时刻，阿果想到利用之前得到的能量石与魔晶对抗。众人齐心协力，将能量石嵌入魔晶旁边的缝隙。魔晶渐渐黯淡，黑暗力量随之消散。恐龙宝贝世界终于摆脱危机，主角们继续守护着这个美好的世界，探索无尽的奥秘。
平静的日子又过了一段时间，小恐龙偶然间发现了一处神秘的地底通道入口。众人好奇地跟随着小恐龙一同进入。通道里闪烁着奇异的微光，墙壁上刻满了古老的符文和图案。走着走着，他们听到低沉的嗡嗡声，像是某种机械装置在运转。
突然，眼前出现了一个巨大的金属圆球，圆球表面布满了错综复杂的管道。圆球中央有一颗散发着蓝光的宝石，这颗宝石的力量似乎影响着整个恐龙宝贝世界的气候调节。正当他们惊讶之时，一群机械傀儡从四面八方涌来。
龙翔喊道：“大家小心！”风龙立即卷起一阵旋风阻挡傀儡前进。小恐龙则使用进化后的力量击碎靠近的傀儡。阿果发现这些傀儡都是受宝石控制，只要破坏宝石就能停止攻击。
于是，小恐龙集中全力冲向圆球中的宝石。伴随着一道强光闪过，傀儡停止了动作。而恐龙宝贝世界因为宝石力量的改变，四季变得更加分明，物产也越发丰富。主角们明白，这个世界还有更多神奇等待他们发掘，他们带着期待继续在这个世界探索下去。
在一次探索中，小恐龙闻到了一股奇特的气味，带领众人来到一片从未涉足的沼泽地边缘。沼泽中冒着气泡，时不时传出诡异的叫声。阿果刚想走近查看，脚下突然窜出一条长着利齿的泥蛇。龙翔眼疾手快，一脚踢开泥蛇。
这时，沼泽深处升起一座古老的石台，石台上放着一本散发着荧光的典籍。小恐龙似乎感应到典籍的不凡，想要登上石台获取。然而，沼泽周围布满机关陷阱，一旦触发，后果不堪设想。
风龙在空中侦察，为小恐龙指引安全路线。小恐龙小心翼翼地避开陷阱，一步步靠近石台。就在快要拿到典籍时，一只巨大的沼兽破水而出，扑向小恐龙。
众人赶忙支援，阿果用新研制的麻醉剂射向沼兽，龙翔和风龙配合攻击。小恐龙趁机跃上石台，叼起典籍。沼兽被击退后，众人围聚在一起查看典籍。典籍记载了失传已久的恐龙进化秘诀，这将使小恐龙变得更强，更好地守护恐龙宝贝世界。
小恐龙按照典籍上的方法开始修炼进化，期间，龙翔等人四处收集所需的珍稀材料来辅助它。经过一段时间的努力，小恐龙成功进化到更高形态，外形更加威武，力量也更为强大。
不久后，他们收到消息，在遥远的海边有异常现象发生。赶到海边时，发现海水正在以不正常的速度退潮，露出大片海底礁石。在礁石中间，有一扇巨大的石门缓缓打开，门内透出神秘的光。
众人带着小恐龙进入石门内部，里面竟是一个充满科技感与魔法气息融合的空间，墙上挂着各种奇怪的生物图鉴，地面有复杂的阵法符文。还没等他们完全搞清楚状况，四周突然涌现出许多半透明的幽灵般的生物，发起猛烈攻击。小恐龙率先出击，强大的力量震退了不少幽灵生物。阿果发现这些生物害怕高温，于是龙翔召唤出火焰之力，风龙吹出热风，一起驱赶幽灵生物。最终，他们破解了空间的秘密，原来这是上古时期留下的试炼之地，通过考验后，恐龙宝贝世界又增添了新的生机与活力，他们也继续踏上探索之旅。
在一次探险中，他们走进了一片荒芜的沙漠。炽热的阳光烤着大地，沙粒滚烫。小恐龙的脚掌踩在沙子上都有些不适。突然，沙尘暴席卷而来，众人急忙躲避在一块巨石后面。沙尘过后，他们发现面前出现了一座古老的金字塔。金字塔散发着神秘的气息，周围有许多奇怪的符号闪烁着微光。
他们进入金字塔内部，阴暗潮湿的环境让人有些毛骨悚然。小恐龙在前面探路，突然踩到一块地砖，周围射出无数箭支。风龙连忙鼓起强风将箭吹偏。再往前走，一个巨大的法老雕像矗立在那里，双眼闪烁着红光。雕像突然活动起来，向他们发动攻击。
小恐龙进化后的力量与雕像正面交锋，阿果发现雕像背后有一个能量源，只要破坏它就能停止雕像的行动。龙翔和小恐龙吸引雕像注意力，阿果悄悄绕到后方，成功摧毁能量源。雕像轰然倒下，金字塔内出现一道通往地下更深层的阶梯。他们犹豫了一下，还是决定向下探索，新的冒险就此展开。