董卓被杀，朝廷上下一片欢腾。董卓祸国殃民的行径，激起了天下人们的极度痛恨，铲除董卓，不仅顺应时代潮流，而且合乎天下民心。它的意义不仅仅只在于谋杀董卓一名国奸臣，而且还深刻影响着东汉末年的历史进程。
王允，用自己对朝廷的赤诚和一身正气赢得了铲除董卓斗争的胜利和世人的称赞。
随即王允“录尚书事，总朝政，遣使张种抚慰山东”。又拜皇甫嵩为征西将军，诛杀董氏一族，查抄郿坞资财。随后再请皇甫嵩接管董卓军队，皇甫嵩以年事已高为由拒绝。王允遂以吕布为大将军，总览天下兵马，实际上只能控制长安城兵马。
作为诛杀国贼的首要功臣，王允自然少不了朝廷的嘉赏和广大人民的称赞。于是，王允态度开始发生改变，似乎有些飘飘然起来。
心道：“连董卓这样不可一世的大奸贼都死于我的手下，我还有什么可惧怕的呢？”
他便对任何人、任何事情都无所谓，毫不在乎，甚至居功自傲。
“及在际会，每乏温润之色，杖正持重，不循权宜之计，是以群下不甚附之。”
每当群臣集会，王允很少像以前那样和大家推心置腹，共同商讨权宜之计，而是正襟危坐，面无和悦之色。慢慢地，群臣也不再像以前那样推崇和拥护他了。
吕布想把董卓的财物赏赐公卿、将校，王允又不准。王允平日却看不起吕布，以剑客对待他。吕布也认为自己有功劳，自吹自擂，既不得意，渐渐与王允不和。
董卓的死讯，让西凉军队将士惊慌不已，有不少人逃亡，董卓女婿牛辅逃亡途中被杀，李儒逃亡后藏匿起来，杳无音讯。董卓手下大将李傕、郭汜、樊稠、张济等人纷纷上书请罪，投降朝廷。
在处理董卓军旧部时，王允的傲慢达到了顶点，坚持不赦免董卓旧部。
投降朝廷被拒绝后，凉州兵将对其前途深感忧虑。当听说王允要削夺他们的军权，解散凉州兵的消息后，更是惊慌。此时，凉州百姓也到处传言，说王允要杀掉所有凉州人，一时之间，整个凉州人心惶惶。凉州兵将领本来就成了惊弓之鸟，此时更是绝望。
李傕、樊稠、郭汜等人更是商议，准备解散西凉军西逃。
李傕军司马贾诩出面，阻止他们说：“听闻长安城中正在商议着打算把凉州人斩尽杀绝，而诸位阁下抛弃属众独行，一个亭长就能把你们抓住。不如带领部队，沿途收敛士兵，再进攻长安，为董公报仇，如果能够幸运地成功，尊奉国家（的命令）征服天下，如果不能成功，再逃走也不迟。”
众人寻思：反正是一死，不如死个痛快。
此计遂为众人采纳。
于是他们迅速召集军队，严阵以待，准备见机起事。
李傕、樊稠和郭汜等将所有凉州兵集合起来，誓师进发都城长安。东汉官兵不堪一击，不久，李傕、郭汜的部队便攻陷长安。
吕布慌忙领兵出逃，在青锁门招呼王允一同逃走。
王允断然拒绝，对吕布说：“如果天子祖先在天有灵，能赐福社稷，保佑我们的国家平安无事，我就心满意足了。这一愿不能实现，我愿意献出自己的生命，以死来报效朝廷。皇上年纪幼小，少不更事，只能靠我们来辅助他。
国家遭受如此灾难，如果弃下皇上，只顾自己逃命，我实在是不忍心。况且，我身为宰相，不仅不能使国家平安无事，反而导致逆贼的反叛，我的责任重大啊！请你出城以后，多多鼓励关东豪杰，要常常念及皇上！”
说完，便扶着汉献帝逃到宣平城楼。
李傕、郭汜追到宣平门下，见到汉献帝叩头便拜。
汉献帝壮起胆子问道：“你们目无王法，作乱京城，到底打算做什么？”
李傕回答说：“董太师对陛下忠心耿耿，却无缘无故遭人杀害，我们只想替太师讨回公道，不敢造反。等到捉拿处决凶手后，我们愿意接受审判。”
王允二话没说，向汉献帝行了最后的君臣大礼，便从城楼上一跃而下，当场死亡，时年五十六岁。
对于王允，后世多有感叹，廖化也颇有一番感慨：一番操作猛如虎，结果却是二百五！