就在三代火影猿飞日斩还在苦苦支撑的时候，他最得意的弟子给了他最致命的一击，大蛇丸进行人体实验的事情被曝光，最要命的是他使用的素材还是木叶村内的人。
正当木叶内部进行大换血，许多年轻一代登上忍界这个大舞台的时候，木叶内部的局势也越来越诡异，时不时就会有失踪。
这也就算了，到最后找到这些人的时候人已经没气了，最令人震惊的是这些人十分的凄惨，仿佛受到了各种刑具一样，让人不寒而栗。
明眼人一眼就知道他们为什么会这样，人体实验，脑海中会不由自主的想起一个人，那就是大蛇丸。
偶尔一两件还好，可是发现的次数多了，就压不住了，村内流言四起，而且舆论完全不受控制。
主要原因还是大蛇丸与志村团藏之间闹得不愉快，志村团藏在高层博弈中一直处于被动挨打的地位。
波风水门这个四代目对于根部并不感冒，尤其是根部对待人柱力的态度上更是让他厌恶，如果不是心在权力不够，被三代目阻拦，波风水门一定会打压根部的活动空间。
而长老团内部，别看他们几个合起伙来对抗猿飞日斩，可猿飞日斩的政治智慧高出不止一筹，不可能独自一人面对一群，而且选择打压一个，拉拢其他人。
因此，志村团藏对于实力的提升更加上心了，而作为他合作的对象，他对于大蛇丸的实验进度非常不满，从一开始好言相劝到最后的恶语威胁。
只可惜他选择错了对象，他面对的可是冷君大蛇丸，他可不是优柔寡断的猿飞日斩，直接正面硬怼回去，占不到半点好处。
就连中断实验室资金跟实验材料的下作手段都使用上了，只可惜，大蛇丸并不买账，反正有没有根部合作都一样，他的实验照样进行。
最后没办法了，志村团藏只能捏着鼻子认了，直到大蛇丸的柱间细胞实验无意中成功了一例，被命名为天藏的少年觉醒了木遁。
除此之外，还有许多的柱间细胞实验数据，这些都是珍贵的数据，是根部无数忍者倾尽全力都拿不到的数据，都被大蛇丸给弄出来了。
眼看大蛇丸没什么进展了，又或者说大蛇丸对柱间细胞的实验没有什么兴趣之后，为了逼迫大蛇丸跟他继续合作，又或者想解决掉大蛇丸，从而削弱猿飞日斩一系的实力，根部来说将大蛇丸的实验素材换成木叶内部人员。
反正根部的栽赃陷害挺拿手的，只是他并不知道此时的大蛇丸对于木叶已经失望透顶了，唯一的信仰也因为自己的老师猿飞日斩掐断，只剩下了唯一的念想，永生。
翻阅了无数的手札笔记，最终大蛇丸将目光转移到了灵魂上，经过了无数实验，最后大蛇丸发现木叶已经限制了自己的实验发展，因此产生了脱离木叶的想法。
因此当他发现根部的一些做法之后，当做不知道，实验照样进行，因为他知道，即使他不这样做，这批人照样活不了，还不如废物利用，好歹能帮他一些忙。
火影大楼，志村团藏将大蛇丸进行人体实验，残害木叶同胞的消息告诉了猿飞日斩，当然波风水门也在场，只是对此抱有怀疑的态度。
三代目得知这个消息的时候心乱如麻，毕竟大蛇丸可是他的得意门生，没想到居然会走向这条不归路。
因此他决定亲自出手了解这一切，并且谢绝了根部一起出动的请求，只带领暗部的一部分人前往大蛇丸的实验室。