随着叛军主力在杭州和金陵两地的战败，江南地区已不再有大规模的叛军存在。尽管各地仍有零星的乱匪等待剿灭，但大规模的战事已经停止。
随着战争的结束，开始进入清算阶段。首先，与李家有关联的各方势力，包括姻亲在内，所有相关人员均被左御史借助贾赦之手全部抓获。与此同时，朝廷派遣的督察院御史们也加快速度赶到浙江。此外，忠顺王还亲自率领五成兵马司中的缉拿高手前来浙江。他们此次行动的目的就是要缉拿李家的长孙——叛军首领李勇。
不过这一切同吴飞宇没有关系了，大战结束后，天成军除会留下温安部三千人坐镇江苏，杨封部三千人坐镇浙江外，董子鄂会率军两万回东北坐镇，剩余天成军将跟随吴飞宇继续坐镇江南。
吴飞宇望着历经战火洗礼后满目疮痍的江南大地，心中满是忧虑与责任。他深知，恢复民生乃是当务之急。他首先下令减免赋税，减轻百姓的负担，让他们能够有喘息之机。同时，他积极组织人力修缮水利设施，确保农田灌溉，鼓励百姓重新开垦荒芜的田地。为了促进商贸活动的恢复，他下令降低商税，并派遣专人维护市场秩序，打击不法商贩。
然而，在战后江南无主田地的分配问题上，吴飞宇遇到了重重困难。江南各族之间因为利益冲突，纷纷争夺这些无主田地。一些大族凭借着家族的势力和财富，试图霸占更多的田地；而一些普通百姓则担心自己的权益得不到保障，情绪激动。吴飞宇一方面努力安抚各族百姓的情绪，承诺会公平公正地进行分配；另一方面，他深入调查各族的人口、土地占有情况以及实际需求，制定出详细合理的分配方案。
为了化解江南各族之间在无主田地分配上的冲突，吴飞宇采取了以下措施：
首先，他深入调查各族的人口、土地占有情况以及实际需求，全面了解各方的状况，为公平分配提供依据。
其次，努力安抚各族百姓的情绪。他向各族承诺会公平公正地进行分配，让大家感受到他的决心和诚意，缓解紧张对立的情绪。
然后，坚决惩治贪污受贿的官员，防止他们在田地分配中谋取私利，保证分配过程的公正性。
在制定分配方案时，吴飞宇充分考虑到江南地区有发展经济的优越自然条件，以及大量北方人口南迁带来的劳动力和技术等因素。他依据详细的调查结果，制定出合理的分配方案，确保各族都能得到相应的田地。
在分配过程中，吴飞宇还亲自深入到百姓中间，倾听他们的声音，耐心解释分配方案的合理性和公正性，消除百姓的疑虑。对于一些大族的阻挠和不合理要求，他坚决予以回绝，并晓之以理，强调公平分配对江南地区整体发展的重要性。
最终，吴飞宇成功地完成了无主田地的分配，使得百姓们得到了应有的土地，江南地区的农业生产得以逐渐恢复和发展。他的公正和坚毅赢得了百姓的尊敬和爱戴，也为江南地区的长治久安奠定了基础。
吴飞宇在江南的所作所为，不可避免地得罪了江南幸存的家族。这些家族原本只是些二流家族罢了，但随着战争过去，原本的大家族被清算，这些家族自然而然地水涨船高。他们自己也认为官府想要快速安定江南，离不开他们的支持。因此，在分配田地的事情上，他们不断给吴飞宇制造麻烦。然而，吴飞宇却选择无视他们的行为，坚持平均分配。这让这些家族感到十分愤怒和羞辱。
这些家族认为自己的利益受到了严重侵犯，于是决定采取行动来报复吴飞宇。他们纷纷动用家族在京城的关系，通过各种渠道向朝廷上书，疯狂弹劾吴飞宇。这些弹劾信如雪片般飞往京城，使得朝廷对吴飞宇产生了极大的关注和压力。
与此同时，这些家族还利用自己在地方上的势力，四处散播谣言，诋毁吴飞宇的声誉。他们声称吴飞宇在江南地区滥用权力、贪污受贿，并以权谋私等。这些谣言迅速传遍整个江南地区，甚至传到了其他省份，对吴飞宇造成了极大的负面影响。
吴飞宇在得知这些家族的所作所为后，怒不可遏，双眉紧蹙，在书房中来回踱步。“这些家族简直无法无天，为了一己私利，竟敢如此胡作非为！”他气愤地说道。
身旁的毛隆拱手道：“将军，此事该如何处置？”
吴飞宇停下脚步，眼神坚定，“若不采取雷霆手段，江南的稳定与发展将遥遥无期。传我命令，命天成军围困为首的几家！”
“是！”毛隆领命而去。
天成军迅速行动，如疾风般冲向那几家宅邸。士兵们手持兵器，将宅邸围得水泄不通，气氛紧张到了极点。
吴飞宇亲自带人进入其中一家，那家的家主惊慌失措地迎了出来，颤抖着说道：“将军，这是何意啊？”
吴飞宇怒目而视，“哼！你自己做的好事，还不清楚？有人举报你们与叛军有接触，今日便要彻查！”
那家主强装镇定，“将军，这定是诬陷，我们忠心耿耿，绝无此事啊！”
吴飞宇冷笑一声，“有没有，查了便知！给我搜！”
士兵们迅速冲进各个房间，翻箱倒柜。不一会儿，一名士兵跑来禀报：“将军，发现了一间密室！”
吴飞宇带人来到密室，只见里面堆满了金银财宝，还有不少与叛军往来的信件。
吴飞宇拿起一封信件，看向那家主，“这你如何解释？”
那家主顿时瘫倒在地，面如死灰。
吴飞宇将这些证据公之于众，百姓们纷纷围了过来。“大家看看，这就是他们的罪行！”吴飞宇大声说道。
百姓们愤怒不已，“这种人就该严惩！”“多亏了将军啊！”
其他那些试图闹事的家族听闻此事，个个吓得胆战心惊。家族中的长辈们聚在一起商量。