就在吴飞宇攻略高丽的同时，刚刚结束内乱，又用和亲方式结束外患的大齐，又因为隆武帝的一道旨意，而陷入了纷争。
大齐在经历辽东惨败，国中三十万精锐损失殆尽，随后在同天成军的作战中又损失了三十万新军，随后南疆大败，南安郡王麾下大军伤筋动骨，如今仅剩下平安州的边军，飞虎军，京营，禁军可称成建制的大军，大齐军队战力低下已经成了不争的事实。
国内又是世家横行，兼并不断，朝廷的税收逐年递减，已经无法支援庞大的帝国运行了。
在同季东阳商议后，新政的最终定稿开始推行了。
奉天承运，皇帝诏曰：
朕承祖宗之业，膺万民之托，念国之兴衰，系于朝纲之振肃。今为安邦定国，特颁此旨，以明吾志。
于政治之域，必当大力整顿吏治，全力推行考成之法。以课吏职之严规，令六部与都察院将所属官员应办之诸般事务定立明确期限，分别详实登记于三本账簿之中。其一留存底册，其二速速送予六科，其三敬呈内阁。六部与都察院务必逐月严格考察诸位官吏之政务操办情形，六科有权责令六部每半载如实上报执行之具体状况，内阁更当审慎再行查实。如此精心筹谋之举措，必能彻底消除官僚争权夺势、玩忽职守之腐败恶劣风气，大幅提升行政之效率，极大增强中央之集权，使朝堂清明，政事顺畅。
于经济之要，务必推动全国范围之土地清丈大事，务必清查众多隐匿未报之隐藏田亩。同时坚决推行一条鞭之良法。此法定为：决然取消徭役，令农民交银，由朝廷出钱雇人应役；坚决取消繁杂之杂税，将其折合银两均匀分摊至田亩之上，与田赋妥善合并；将田赋、杂税以及摊入之役银共同整合为全新之田赋，且一律以银两之形式征收。此革新之举，定能极大简化税制，显着降低征税之成本，有力抑制腐败之恶行，有效促进商品经济之蓬勃发展，大幅增加朝廷财政之收入，使国家富足，民生安乐。
望诸臣工，谨遵朕之旨意，怀忠诚之心，行务实之事，齐心协力，竭忠效力，共襄国是，以保我大齐江山千秋永固，社稷万年安康。
钦此！
而关于军队的改革则更让大齐国内震动不已。
奉天承运，皇帝诏曰：
朕承祖宗之业，膺万民之托，念国之安危，军事之要。今察军户之制，积弊渐显，已难应时势之需。故决意行军事改革，由军户制转而为募兵之制。
军户之制，往昔曾有功于国，然今时已现诸多弊端。军户劳役繁重，生计维艰，士气低落，战力渐弱。为强我国防，振我军威，当行募兵之制。
募兵之制，乃以银钱招募勇武之士，入军为兵。所选之兵，当精壮勇悍，忠诚卫国。募兵者，享军饷之资，无杂务之扰，专心操演军事，务精武艺，以备征战。
此制既行，当严选募兵之官，公正无私，择良才而用。所募之兵，严加训练，律以军法，赏罚分明。军中将帅，当以兵法谋略训导士卒，使之知战阵之法，勇而有谋。
朕望诸臣工，协力同心，推行此制，务使我军精锐善战，保家卫国，护我大明江山永固，百姓安宁。若有怠职徇私者，严惩不贷。
钦此！
一封政令下达，其影响犹如巨石入水，激起千层浪，只因这政令触动了世家大族和满朝官员的核心利益。与此同时，一则圣旨颁布，更是如同惊雷炸响，撼动了军中勋贵与世袭将门的深厚根基。
很快，各方的反弹汹涌而至。首先在江南，丈量田亩这一工作遭遇了重重阻碍，根本无法得以顺利施行。各地官员心怀鬼胎，族老们更是想尽各种方式加以阻挠、百般推辞。而军改更是如同点燃了火药桶，激起了军户们的强烈暴动。由于此次改革改成了募兵制，军户制随之被荒废，朝廷发放的军补也戛然而止。军户们手中除了那贫瘠的田地，再无其他稳定的收入来源，根本难以维持生存。在有心人的推波助澜之下，各地军户的暴动事件愈发频繁，且有愈演愈烈之势。
虽然那些将门们极力将事态控制在自家范围内，尚未造成大规模的民乱。毕竟他们内心深处也并不想造反，只是妄图让朝廷收回成命，停止军改罢了。却不想，隆武帝态度强势，毫不犹豫地派出了京营。