相传于琉璃市发展历史馆上的记载，大约在1000年前，有一个巨大的陨石落入了海洋，引发了水下的一座火山喷发，然后伸出了海面。
最后，中央的火山口因雨水聚积而形成湖泊，琉璃市便在火山口的内部发展起来。
当然，在琉璃市发展之前，还有被特地隐藏的一段空白历史。
那便是陨石砸裂了海中的大地，陨石所具有的特殊能量物质，竟然将隐藏在地心深处的自然能量牵引了出来，唤醒了两只被封印陷入沉睡的超古代生命。
时至今日，距离琉璃市不远的大海至少几千米深的深海，一艘超小型潜水艇灵活的穿梭在海底的大峡谷之中。
当小型潜水艇穿过了犹如迷宫的大峡谷，便来到了隐藏在峡谷深处的禁忌之地。
一个人影和一只宝可梦从小型潜水艇底下游了出来。
齐涵骑着帝王拿波，看着眼前伫立在海底，以三角形的三个点进行排列的三根长满苔藓的巨大石柱。
齐涵从包里拿出三片红蓝绿的圆形玻璃，游向其中一个柱子。
只见柱子的顶端雕刻着一只大鱼，正是超古代宝可梦之一的盖欧卡。
齐涵拿起蓝色的圆形玻璃片按在盖欧卡象征眼睛的凹槽里，原本没什么特别的雕刻，在这一刻奇异得有了几分活性。
游到对面的石柱，齐涵又将红色的玻璃安装在固拉多的眼睛部位。
随即来到剩下的石柱，齐涵看着近乎盘旋在整个石柱上的龙型雕塑，将剩下的绿色玻璃按在了那只龙的眼睛上。
当最后一个玻璃片被安上，整个地面开始颤抖，齐涵连忙拉着帝王拿波远离。
只见，代表眼睛的三片玻璃同时绽放各自的光芒，顺着雕刻的纹路慢慢覆盖了整个石柱，紧接着，三颗眼睛同时朝着三角形的最中央发射一道光束。
三道光束交汇融合的点竟然慢慢展开了一个奇异的圆形光门，随即，一股巨大的能量犹如开闸的洪水从光门内部喷涌而出。
周围的海水顿时剧烈翻涌，任务完成的齐涵抓着帝王拿波刚想要撤退，余光忽然瞥见一颗两米多宽、三色杂糅的晶石从光门内冉冉升起。
那是！？
……
阿渡瞪大眼睛看着诡异的天空，喃喃自语：“这是……发生了什么？”
这时，小胜一声惊呼引起了大家的注意力。
“小智！姐姐！你们快看！”
顺着小胜手指的方向，大家看见了盖欧卡和固拉多身上的图标纹路不停闪烁着，而且间隔越来越短。
就在这时，云双手上的两颗宝珠也在疯狂的发出光芒，仔细一看，宝珠深处仿佛有什么东西在流转，看上去仿佛活起来了一般，莫名给人一种诡异的感觉。
所有人不明白到底发生了什么，甚至可以说这些异常在预示着什么，想要寻求答案的他们纷纷转头看向水悟桐。
然而见水悟桐脸上同样迷茫诧异的模样，不用问也知道，这个人也是一头雾水。
感应到久违而熟悉的自然能量，固拉多和盖欧卡一致转头看向某个方向，然后开始朝那个方向移动。
小智奇怪地望着那个方向：“固拉多和盖欧卡它们要去哪里！”
云双眼尖地发现到沐修的异样，将宝珠收起来，抬手抓住沐修的手腕。