得到袍男的通知，李自成与城中的多个家族及不满现状的团体联手。开始在金陵城引发骚乱。“真正的混乱即将爆发！””曹文诏忧心忡忡，金陵城刚刚安定不久，这些人就迫不及待地开始行动，真以为金陵城是他们可以随意进出的地方吗？
叶轩刚一离开，金陵城内就发生了多起冲突事件。而这仅仅是个开端。由于这些冲突中并无人员伤亡，财物损失也微乎其微，曹文诏在审讯后不久便将这些肇事者释放了。他的这一举动仿佛发出了某种信号，让那些不法之徒愈加放肆。
很快，城里的地痞无赖开始成群结队地欺压良民，并且他们专挑夜晚作乱，这让负责各片区治安的官兵感到十分棘手。
终于，在某个深夜，这些无法无天之徒公然闯入民宅。一向主张“温和处理”的曹文诏立刻调兵遣将，进行严厉镇压，将被抓的闹事者就地正法。不仅这一伙人被处决，当晚所有闯入民宅的地痞流氓都被斩首示众。
在最终时刻，这些人屈膝哀求。但执行的官兵毫不留情，将他们全部斩首。
李自成三人期待已久的时刻终于到来。第二天，金陵城内开始流传各种关于叶轩的传闻。有些读书人摇头叹息，认为叶轩的惩罚过于严酷，主张以小惩大诫。
也有一些被处决者的家属到官府闹事，曹文诏遵循叶轩的指示，该处理的就处理。官府的严厉措施让普通民众感到恐惧，仿佛面对着凶猛的野兽。人们见到官府的人绕道而行，读书人则投以鄙视的目光，甚至连叶轩在百姓中的声望也开始下降。
但这还不够，李自成命令几个显赫家族在暗中制造更多的混乱。打算彻底摧毁叶轩的名声，让他再也无法恢复。
李自成的计策可谓毒辣，连张存孟和洪承畴都自叹不如。然而，李自成清楚，要改变叶轩在民众心中的地位，绝非短期内能够实现的。因此，他认为还需要更多行动来解决问题。这时，关于沟王村发生命案的消息开始流传。不仅如此，其他村庄的类似事件也相继曝光。甚至真相被颠倒，将倭寇的暴行归咎于官兵。“弑杀仙师”的谣言甚嚣尘上。
“一群猪脑子的人，袁崇焕听到叶轩被诬陷成“弑杀仙师”时，气得直摇头。气得差点提刀去砍那些造谣者。
“袁将军！”曹文诏面色凝重，“仙师有令，我们只需执行，不必理会他人的言论！”
袁崇焕虽然心有不甘，尽管不太情愿，他还是决定遵从叶轩的指示。然而，袁崇焕等人并未意识到，这些传言其实是李自成等人有意为之。虽然有些人对叶轩的动机产生怀疑，但官府没有做出任何解释，叶轩本人也没有露面，只有李自成安排的人在四处传播谣言，有人企图破坏叶轩的声誉。由于城中的动荡，许多居民感到不安。大多数居民留在家中，对外界的传言毫不知情。因此，尽管表面上叶轩的名声似乎受到了影响，但实际上他所获得的支持并未减少。但他吸取的经验和教训却丝毫不减。
当然，李自成等人对这些情况毫无所知。他们为了诋毁叶轩的声誉已经投入了大量资源。再多做些什么也无济于事。
金陵城的骚乱很快被曹文诏平息，局势迅速得到掌控。然而，就在此时，倭寇与海盗也开始蠢蠢欲动，他们一波接一波地秘密驶向码头或靠近岸边，企图趁乱抢夺百姓的财物。
这一次，海盗选择的目标并非某个偏僻的渔村，而是在金陵城附近的某个码头。在接近码头之前，他们先把大船隐藏在乱石密布的浅滩，然后换乘小船，趁着金陵城内最混乱的时机登陆。
就在海盗抵达时，程家与林家突然燃起了熊熊大火，附近的驻军全都调派去救火救人，港口一带的防守力量因此变得薄弱。