双龙市的双龙道馆最近又重新开张了，斗子和鸣依想要去取得她们的最后一枚徽章。
而小智则只是单纯地想去拿下第十枚徽章，向合众地区最强的道馆训练家夏卡讨教讨教。
路过一座宝可梦幼儿园之后，小智一行人再次回到了竹兰在涟漪镇的别墅里。
因为要从青海波市去到双龙市，从涟漪镇拐过去会比较近。
再次回到了熟悉的地方，美洛耶塔也安心地唱起了古老之歌。
与此同时，在涟漪镇附近海域的一座海上基地那里，一架印有一个巨大的红色“R”字标记的豪华私人客机缓缓地降落在基地的停机坪上。
塞格博士正带着几百名火箭队队员在此整齐列队，恭迎坂木的到来。
“坂木老大，塞格率基地全体成员恭迎您的到来。”
“嗯，从今天开始，合众地区将纳入我们火箭队的管辖，
暴风雨计划，正式进入最后阶段！”
坂木望着远处的大海，充满野心地说道。
“遵命。”
隔天一早，涟漪镇。
一只泥偶巨人从空中飞行而来，降落在别墅的院子里。
一个男人从泥偶巨人身上跳了下来，叮嘱道，
“泥偶巨人，捕捉到旋律了，空气在颤动，这种感觉一定是美洛耶塔不会错。”
听到有人到别墅里来，小智起身去看看，发现有个不认识的男人正在别墅的院子里，似乎在找什么东西，还带了一只泥偶巨人来。
而美洛耶塔一见到那个男人，便激动地飞过去，扑进他的怀里。
“美洛！”
“美洛耶塔，你没事真是太好了。”那男人也惊喜道。
小智随即把他迎进客厅里。
那人把泥偶巨人留在院子里负责警戒之后便跟小智进屋。
“真是非常感谢你们帮我保护美洛耶塔，
我叫拉里，正在跟我的泥偶巨人一起寻找美洛耶塔，
你叫做小智是吧，美洛耶塔它现在好像已经跟你很亲近了呢。”
“是啊，对了，拉里先生，到底发生什么事了？为什么美洛耶塔会跟你分开，被火箭队的人追捕呢？”
“哦，是这样的，我们和美洛耶塔，本来是一起隐居在合众地区的某座森林的深处，
可是某一天，我们隐居的地方被人发现了，在我没有注意到的时候，美洛耶塔就被那些坏人们给抓走了，
那群坏人，一定是在觊觎美洛耶塔所拥有的力量，这件事是我的重大失误，所以我才会一直到处寻找美洛耶塔的踪影。”
据拉里所说，当时靠着火箭队的人宝可梦的招式黑雾的掩护，抓走了美洛耶塔。
用的笼子小智猜测也是之前火箭队用来抓三云神的那同款抓捕神兽专用笼子，因为拉里说他的宝可梦的技能根本无法破坏那个笼子。
拉里对此很是自责，因为美洛耶塔出事的时候，他刚好有事离开了，没有在美洛耶塔的身边。