此次行动，以等离子队的完胜而告终。
见到有等离子队的人来搅局，小智几人也不得不放弃行动，先逃离大厦。
五分钟后，愤怒的坂木在安全地带大骂富林多等人无能，竟然会让等离子队的人潜伏进来，而且晚夜陨石的碎片还被抢走了。
富林多当即跪地请罪，并且主动提出要将功赎罪，带人乘着直升机追了上去，誓要夺回晚夜陨石碎片。
等离子队的人本想开着直升机直接开回总部，但是在半路上被火箭队的人追上，
双方展开了一场激烈的空战，各自的损失都不小。
与此同时，小智等人正坐在帅哥的直升机上，饶有兴致地看着面前这狗咬狗的一幕，
不管是哪一方赢了，小智都开心，最好是打个两败俱伤。
但是，在双方激战的过程中，强大的能量波动影响到了晚夜陨石，
这使得陨石内的能量爆发出来，其能量之强，让等离子队的队员们不得不暂时先在附近地面上的一个废弃机场里降落。
空战打完，火箭队的人也跟着降落，并与等离子队的人在地面上展开激烈战斗。
帅哥也操纵着直升机降落，几人躲起来，打算来个鹬蚌相争，渔人得利。
几分钟后，由国际刑警组织的警员们，君莎小姐手下的合众地区的警员们，还有PIA组织的成员们，三大组织的成员组成的大部队赶到。
小智一行人跟大部队汇合后，留下一个小队保护斗子，鸣依，红豆杉博士等非战斗人员之后，小智便带人发动攻击，一马当先，身先士卒。
小智，君莎小姐，帅哥，三人各自带领各自组织的部队，同时对火箭队和等离子队发起攻击，
霎时间，三方大会战一触即发。
等离子队一方败退最快，因为他们在现场的最高级人员就只是一个小干部，
首领魁奇思，太子爷N，博士兼智囊阿克罗玛，七贤人，黑暗铁三角等等高级人员一个都没到场参战。
而火箭队那边也没好到哪里去，最强战力也就一会富林多，坂木和其他人都还没来。
现场根本就没有人是小智的一合之敌，
小智派出皮卡丘，喷火龙，蜥蜴王，路卡利欧，耿鬼，巨金怪，在反派阵营当中大杀四方，
小智本人也手握波导弹，杀了个七进七出。
一切都在朝好的方向发展，但是，在激战过程当中，
小智的皮卡丘却不小心被晚夜陨石活性化途中溢出的能量击中，
被奇迹般的光芒附着的皮卡丘，技能威力也得到了大幅提升，
担心皮卡丘不知道会不会出事的小智急忙抱着皮卡丘下火线，退回后方。
经过红豆杉博士的检查，发现是因为皮卡丘吸收了晚夜陨石的部分能量，