户帖制度执行十年后，国家逐渐稳定下来，实际统治也已经扩展到全国，为了更有效地管理和征税，洪武十四年，朝廷开始推行黄册制度，相比于户帖制度，黄册制度有了进一步的完善。
黄册是一种全国性的户籍册，详细记录了各地户籍信息，包括户种、原籍、现籍、居住地、人口信息以及资产等，与黄册配套的还有记载土地位置、大小、所有权状况的鱼鳞册制度。
鱼鳞册，又称为鱼鳞图册、鱼鳞图、鱼鳞图籍、鱼鳞簿、丈量册，是一种详细记录土地信息的登记簿册。
鱼鳞册的主要功能是为了征派赋役和明确土地所有权，它将房屋、山林、池塘、田地等按照顺序排列并绘制出来，因为描绘土地区域图谱形状类似于鱼鳞片的排列，因而得名。
所谓黄册制度，需要配合里甲制度来推行，普通百姓分为军、民、匠三大类，每一百一十户为一个“里”，每个“里”设有十个“甲”，推丁粮多者十户为长，按年轮流服役，把每个“里”的住户按照籍贯、姓名、人口、田宅、地亩等逐一登记，呈送上级，每十年更新一次。
在城曰坊，近城曰厢，乡都曰里。里编为册，册首总为一图。鳏寡孤独不任役者，附十甲后为畸零。僧道给度牒，有田者编册如民科，无田者亦为畸零。每十年有司更定其册，以丁粮增减而升降之。
黄册一式四份：一份上交户部，其余三份布政司、府、县各存一份。上交户部册面黄纸，故谓之黄册。
黄册不仅是征税的依据，也是分配徭役、管理人口流动的重要工具。
无论是“户贴”还是“黄册”，都体现出户籍制度的等级差异，同为大明臣民，在户籍身份上有明显的等级之分，可分为宗室、官绅、庶民、贱民四个等级。
宗室户籍包括皇室和宗藩人口，他们处于等级制度的顶层，宗室户籍不仅不需要承担国家赋税徭役，而且还有许多司法方面的特权，他们如果犯罪，当地官府不允许直接缉拿。
官绅户籍仅次于宗室户籍，他们只需要承担部分赋税役，他们本身就是官僚系统的一部分，互相关照是应有之义，法律上的减免措施他们可以合理合法用到极致，而真正的赋税重担，都需要庶民百姓来承担。
明初期，庶民户籍占有大多数的土地，包括底层的小地主，自耕的农民和佃户，他们需要承担朝廷派发的各种赋税和徭役，风调雨顺还可以勉强度过，遇到灾荒年景，朝廷没有税赋减免，轻则破产，重则家破人亡。
《大明律》规定，禁止庶民家庭养奴婢。
贱民户籍主要就是奴婢、奴仆、罪奴，这些实际上都是宗室户籍和官绅户籍家庭才有，罪奴就是朝廷官员被抄家问斩之后，他的妻子儿女一般被判为罪奴，被变卖为奴婢、官妓或者流放边疆；此外，贱民户籍还包括惰民、乐籍、官妓等。
贱籍户口其法律地位比庶民低，他们没有权利参加科举，更没有权利享受朝廷的各种优待，一入贱籍，世代都是贱籍。
其实不止是贱籍户口，其他几个等级的户口基本上都是世袭，随着人口增多，年代久远，户贴黄册制度执行起来慢慢走样，流于形式。
黄册制度在明朝初期发挥了重要作用，但是随着时间的推移，由于各级官员徇私舞弊、土地兼并日益严重等因素影响，黄册记载日益失真，使得黄册上的全国土地面积总数不断萎缩，严重不符合常理。
洪武末年全国黄册统计人口六千多万，土地八百多万顷，过了一百一十多年，在没有发生大的灾荒和战争的情况下，最近一次黄册重新统计是弘治十四年，人口只剩下五千二百多万，土地不足四百三十万顷，本来应该逐年增加的数据，反而缩水这么严重，稍加对比，傻子都知道错漏的有多厉害。
黄册的内容严重失实，已经无法真实反映各地的人口、土地和赋税负担情况，指望朝廷据此征税，征发徭役自然越来越难。
不在册的人口比在册人口还多，人口分布情况也无法精确掌控，朝廷无法征收赋税，遇到灾荒也无法准确统计需要救济的人口数目，救灾往往流于形式，内政管理日渐失控，也是明朝中后期各种起义不断的根本原因。
想要彻底改革，自然要先摸清家底，这也是内阁所有人的共识，整顿完吏治后，彻底清查全国的人口和土地，重建黄册，就是必须要进行的步骤。