比试结束，共有八十余名官兵获得担任各级军官的资格，这个人数与杨林计划中的人数相差很大。他告诉官兵，今后还会有很多比试的机会，不要放弃希望。
获得军职的官兵个个兴高采烈，觉得这是依据自己的实力获得的荣誉，就好比书生考取了功名一般，走起路来腰杆儿挺的笔直。其他的官兵对他们不仅是恭敬，而且还颇为崇拜。这种现象在当今的明军中实为罕见。
杨林对手下现有官兵重新进行整编。如未算上未归队的王长水和刘万山兄弟率领的五十名官兵，现有在册官兵二百八十人。共分为甲乙丙丁戊五个哨，每哨额定官兵一百人。另设一个军法队和一个辎重队。
其中甲乙两哨为齐装满员的主力哨，若有敌情则第一个上阵。剩余三个哨、军法队和辎重队，仅有少数官兵作为骨干先支撑起来，等以后补充了兵员再说。
杨林知道后金方面正在消化萨尔浒大战的胜利果实，一时半会儿还不会有大的军事行动。因此要把手下现有官兵的训练程度提高上来，等日后上了战场就可以发挥坚强作用。所以他不怕手下官兵缺编，怕的是时间不足和缺饷。
现有的粮饷还可用三个月，等用尽后张应昌能不能按时补给都是未知之数。如拖欠军饷，官兵的热情和积极性都将受到打击，再好的训练方法都没有用。但现在没有好的解决办法，只能走一步看一步到时候再说。
根据比试结果，杨林当众任命张魁武署理甲哨哨官、马勇署理乙哨哨官、赵海臣署理丙哨哨官、孙奎亮署理丁哨哨官、刘信署理戊哨哨官。这五人虽是署理哨官之职，但大家都明白，只要这他们不出纰漏、不犯错误，正式担任哨官是早晚的事。
军法队暂时以熊大海和吴小七和几名官兵为主，他们要找人把新旧军规都记下来，然后监督各级官兵实施。这可把吴小七累惨了，因为在杨林的亲自教导下，他是军法队中唯一识得几个字的人。所以他白日要监督官兵军纪，晚上还要熟记各项军规，然后再默写下来加深记忆。
新的训练开始了。这个时代的明军训练内容不过就是列队、行军、布阵、搏击等传统的内容，而且还是每隔三天或五天才训练一次，可想而知训练程度和效果会如何。面对单兵战力和身体素质较强的后金军，武备松懈的明军明显不是其对手。
杨林认为，若想克制后金军，由辽东汉人组成的辽军是其强劲的对手。辽东汉人在身体素质和饮食习惯等方面，几乎与女真人极为相似。
如围猎的区别。女真人通常以家族、宗族或部落，分工明确的有组织、有季节性的进行。而辽东汉人多数是在冬季农闲时节，为了增加口粮而自发性的进行。虽然分工和组织度不高，但在本质上还是有一致性的。
再如饮食方面。辽东汉人和女真人都生活在高纬度的寒冷地区，日常主食以谷稻、粗粮、面粉、肉类等为主，并不似华北地区多以面食为主，也不似华南地区多以稻米为主。而是两者兼而有之，再以其他杂粮为辅。
菜肴以重油重盐为主。重油是为了增加身体的脂肪，以抵御寒冷的天气。在寒冷的季节里劳作，人体消耗的热量要高于温暖地区。所以重盐的作用是能快速补充身体盐分，保持有较高的体力进行活动。所以从古自今生活在辽东的各族百姓，咸菜和大酱几乎是每餐必不可少之物。
在历史上，主要由辽东汉人组成的“东江军”，依靠顽强的意志和对辽东天时、地理和环境的熟悉，时常深入敌后百里甚至是数百里袭扰作战。若是其主将毛文龙不死，后金被其逆袭翻盘的概率极大。
而后期的“关宁军”不仅能正面硬钢后金军，在某些时段和地点已能遏制其攻势，并进行颇有成效的小规模反攻。可惜领导他们的祖家、吴家等辽西军阀始终心存私念，未将他们的作用真正发挥出来，以致成为一大憾事。
杨林坚信只要训练得当并粮饷足额，自己手下的这些辽兵在日后必能发挥巨大的作用。因此他根据后世中国军队的训练方式和内容，总结分析现今明军的作战特点，在原有的训练内容上新设战术、侦查、擒敌、越野、器械、工事、体能、泅渡等九大主要训练科目。各主要训练科目下包含不同的次要训练科目。
如战术训练除了传统的训练内容外，新增了在平原、城堡、山地、丛林等不同地形的攻守方法，以及对今后装备的大盾和标枪的训练方法。其中四百米障碍就属于这一科目内的次要科目。
侦查训练包括刺探、化妆、潜伏、捕俘、伪装等方法，是斥候和夜不收们必备的训练科目。
擒敌这项科目主要是训练官兵个人的格斗技能。杨林将教授他们来自后世的中国散打、西洋拳击和泰缅拳脚等格斗技能。这是在战场上与敌人肉搏时获取优势的关键。
越野训练分为轻装和武装两种。简单地说轻装就是徒手长跑，武装就是全身披挂长跑。
器械训练包含单双杠、木马，以及飞索、云梯、冲车、战车等如何使用。
工事训练主要内容就是构筑营地和野外工事，外加布设炸炮和鹿砦等物，以遏制和防御后金军的骑兵及弓箭手。