随着事故调查的介入，很快查清了宝能化工这次爆炸事故的主要原因。
经过事故调查组查明，事故的直接原因是宝能化工有限公司三号车间旧固废库内长期违法贮存的硝化废料持续积热升温导致自燃，燃烧引发爆炸。
事故调查组认定，宝能化工公司无视国家环境保护和安全生产法律法规，刻意瞒报、违法贮存、违法处置硝化废料，安全环保管理混乱，日常检查弄虚作假，固废仓库等工程未批先建。相关环评、安评等中介服务机构严重违法违规，出具虚假失实评价报告。
事故调查组同时认定，良城市各级应急管理部门履行安全生产综合监管职责不到位，生态环境部门未认真履行危险废物监管职责，工信、市场监管、规划、住建和消防等部门也不同程度存在违规行为。
良城市城北工业开发区招商引资安全环保把关不严，对宝能化工有限公司长期存在的重大风险隐患视而不见，复产把关流于形式。
良城市市委市政府未认真落实地方党政领导干部安全生产责任制，重大安全风险排查管控不全面、不深入、不扎实。
2004年1月16日，在宝能化工爆炸事故后的第七天，彭城市中级人民法院就对宝能化工有限公司相关责任人进行审判，包括公司法人代表，总经理，实际控股人在内所有人，另外生产负责人，车间主任等相关管理人员也都受到依法处罚。
同时，彭城市纪委组成联合调查小组，依法对良城市市长王浩进行党内记大过处分一次，对常务副市长丁一，副市长孙跃进，城北工业开发区党工委副书记，副主任刘贺等人进行双规。
另外公诉机关还指控6名被告人构成重大劳动安全事故罪，6个被告单位和22名被告人分别构成提供虚假证明文件罪和出具证明文件重大失实罪，65名国家机关公职人员分别构成玩忽职守罪和受贿罪，依照法律对其进行相应的处罚。
对于不幸逝者家属的赔偿，良城市市委市政府第一次意见统一，一切赔偿金额从厚从优从快的原则进行赔付，宝能化工有限公司直接进行关停，吊销营业执照，所有赔偿款也从宝能化工的账上直接提取。
魏贤君被任命为赔偿小组负责人，全面负责赔偿事宜。
其实对于大部分家属来讲，人死不能复生，能得到一大笔赔偿，总的来讲比一分没有要来的强。
再加上宝能化工的老板，管理层基本上都进去了，老板更是被判刑十五年，就算是车间主任都免不了三年的有期徒刑，处罚力度不可谓不大。
政府现在愿意出来主持公道，给予每位不幸牺牲的工人家属进行赔偿，很多人还是特别感激市委市政府的。
但是人心不足，总有那么几户人家心不平，感觉赔偿金额少了，想要趁机多捞一笔。
这个算盘在魏贤君这里算是打错了地方，本来每一位工人赔偿金额只有八万元，是他据理力争，为他们多挣了两万元。