三月中，大明陆军正式编入了大明军队序列，划归兵部管理，名义上脱离了皇帝私兵的属性。但指挥权归总参谋部，并明确了大明所有军事机构最高统帅为皇帝陛下，称为大元帅。
大元帅之下取消了原本的品阶，改为职官，比如左右都督、都指挥使等。不再具备品阶和薪俸功能，仅作为职权表达。原本的勋官，像忠武校尉、金吾将军、荣禄大夫，则保留了品阶和薪俸功能。
比如孙承宗，原本有正三品都指挥同知、昭勇将军、陆军副总督、兼兵部左侍郎、领中军都督府事这一大串职务和头衔，现在简化成了正三品邵武将军、陆军右都督。
正三品邵武将军是他的品阶和薪俸等级，陆军右都督是他的职务。在新的军制中取消了文官领兵的权力，所以不能再兼任兵部的官职，而五军都督府已经被裁撤。
这样做的目的只有一个，更方便专人专用确定权责。谁该做什么、谁能指挥谁、拿多少俸禄、有多少荣誉、一清二楚，既不能互相推诿，也别想越权。
像历史上袁崇焕斩毛文龙的现象，在新军制下就不可能发生。两个人都有明确的职务，谁是正职听谁的，不存在一个工作岗位有两个正职的可能。
即便遇到特殊情况，比如说队伍打散了临时合并，军官互不统属无法再以职务区分，那就可以比一比品阶，谁大听谁的，当然了，也得由谁来负责。
陆军左都督为陆军最高指挥官，海军左都督为海军最高指挥官，各自的属官有都督同知、都督佥事各两人，都督参谋长和都督参谋共30人，协理本军事宜。
都指挥使司为军队最大常设编制，下辖5個卫，由都指挥使掌印。属官有都指挥同知、都指挥佥事各两人，都指挥参谋长和都指挥参谋共20人，分管作战、训练、后勤、军械、情报、通讯、账目等。
每个卫下辖5个千户，由指挥使掌印，属官有指挥同知、指挥佥事各一人，指挥参谋长和指挥参谋共10人，分管作战、训练、后勤、军械、情报、通讯、账目等。
每个千户下辖10个百户，由千户掌印，属官有同知、佥事各一人，千户参谋长和千户参谋共5人，分管作战、训练、后勤、军械、情报、通讯、账目等。
每个百户下辖2个队，每队下辖5个什，由百户掌印，百户参谋2人，分管作战、训练、后勤、军械、情报、通讯、账目等。
每个什下辖2个伍，共10名士卒，由什长掌印，属官有伍长两名，分管作战、训练、后勤、军械、通讯等事，不配备参谋职务。
从都督参谋长到百户参谋的品阶勋官与军官相同，但采用双重领导，其任免、奖惩权在总参谋部和海陆两军参谋部，任何部门不得越权干涉。